a. UKK

Englanninkielinen sivu: FAQ/UKK

• • • Pääsyoikeus Kotkaan, kirjautuminen
    • Näytteet, datan tallennus ja muokkaus
    • Haku ja Excel-export
    • Kokoelmat, organisaatiot ja tagit
    • Etiketit
    • Tunnisteet
    • Datan julkisuus ja julkaiseminen

Pääsyoikeus Kotkaan, kirjautuminen

1. Unohdin salasanani tai jostain muusta syystä en pääse kirjautumaan Kotkaan. Apua?
   • ota yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi ja selosta tilanne
2. Uusi henkilökunnan jäsen tarvitsee pääsyn Kotkaan, mitä teen?
   • kts. Uusi käyttäjä

Näytteet, datan tallennus ja muokkaus

1. Mikä importissa on vialla, kun esikatselussa saan virheviestin, jossa sanotaan että arvo vaaditaan eikä se voi olla tyhjä (value is required and can't be empty), mutta mitään soluja ei korosteta punaisella?
   • Todennäköisimmin yksi tai useampi pakollinen sarake puuttuu tiedostosta. Varmista, että tiedostossa on sarakkeet MYNamespaceID, MYObjectID, MYCollectionID, joko MYGathering[0][MYCountry] tai MYGathering[0][MYHigherGeography], ja MYGathering[0][MYUnit][0][MYRecordBasis]. Myös sarake MYGathering[0][MYUnit][0][MFSample][0][MFPreparationType] on pakollinen, jos muita sample-osion sarakkeita on täytetty.
2. Webbilomakkeelta puuttuu joitain kenttiä, miksi?
   • webbilomakkeella on mahdollista merkitä joitain kenttiä edistyneiksi (advanced) ja valita näytettäväksi vain peruskentät (basic). Kun editoit tai lisäät uutta näytettä, valitse menusta oikealta "Show basic and advanced fields", niin näet kaikki kentät.
   • Jotkin kentät ovat lomakekohtaisia, eli niitä käytetään vain vain esim. puutarhan kasvikantalomakkeella muttei muilla.
3. En pysty muokkaamaan näytetietoja, miksi?
   • Näytteen omistaja (owner of record) voi olla eri organisaatio kuin se johon kuulut. Jos omistajatieto on väärin (esim. näyte Turun yliopiston kokoelmassa on jonkin Luomuksen tiimin omistuksessa mutta turkulaisten pitäisi päästä muokkaamaan tietoja), ota yhteyttä joko tietueen tallentajaan, omistajaorganisaation tiiminvetäjään tai ylläpitoon kotka(at)luomus.fi tapauksesta riippuen.
   • Jos työskentelet monessa eri organisaatiossa/tiimissä ja sinulla on tarve editoida niiden kaikkien näytetietoja, muokkausoikeuksia voidaan lisätä liittäämällä käyttäjätunnuksesi useaan organisaatioon. Pyydä organisaation Kotka-yhteyshenkilöä ottamaan yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi (tai lähetä pyyntö itse ja laita yhetyshenkilö cc:ksi).
4. Miten voin poistaa näytteen?
   • Näytteen poistaminen on mahdollista kahden viikon ajan sen alkuperäisestä tallennushetkestä. Tällöin delete-nappi on näkyvillä muokkaustilassa webbilomakkeella. Jos näytteen luomisesta on yli 2 viikkoa, vain ylläpito voi poistaa näytteen. Ota yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi ja anna hyvät perustelut poistolle (poisto ei ole tunnisteiden pysyvyyden periaatteiden mukaista). Varmista myös, ettei näytettä ole käytetty muualla esim. transaktioissa tai ettei näytteeseen ole viitattu sen tunnisteella esim. julkaisuissa.
5. Mihin Kotkassa tallennetaan kansankieleinen nimi?
   • Kansankielisiä nimiä ei tallenneta Kotkaan, vaan taksonomiaa hallinnoidaan erillisessä taksonitietokannassa (Taksonomian hallinta)
   • Jos kansankielinen nimi on kirjattuna etiketille tai muuhun alkuperäislähteeseen, sen voi tallentaa kenttään Taxon verbatim tai Verbatim labels ja käyttää tieteellistä nimeä kentässä Taxon name.
6. Miten poistan näytekuvan?
   • Kuvia voivat poistaa kotkan ylläpitäjät tai käyttäjät, joilla on advanced-käyttäjärooli. Ylläpitoa voi silloin tällöin pyytää poistamaan kuvia, mutta jos työskentelet toistuvasti kuvien kanssa ja poistotarpeita tulee säännöllisesti, voit pyytää ylläpitoa lisäämään tunnuksellesi advanced-roolin (rooli ei tuo muita lisäoikeuksia kuin kuvien poiston verrattuna tavalliseen käyttäjään). Molemmissa tapauksissa ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi
7. Mihin Kotkassa tallennetaan tunnisteet, jotka näytteellä on muissa järjestelmissä?
   • Jos tallennat sellaisen näytteen tietoja, joka on tallennettuna myös johonkin toiseen tietokantaan esim. havaintona, on hyvä tapa sisällyttää tietueen tunniste toisessa tietokannassa Kotkaan. Tämä auttaa myöhemmin näiden duplikaattitietueiden yhdistämisessä
   • Tallenna tunniste Kotkassa Additional ID's-kenttään, toisen järjestelmän nimi prefixinä/otsikkona.
   • Esimerkkejä:
     • Tieto LajiGIS:ssä tai Hertassa, saatavilla myös Laji.fi:ssä.
       • Huom. tallenna havainnon tunniste, ei havaintoerän tunnistetta. Klikkaa Näytä lisätiedot nähdäksesi tunnisteen.
       • AdditionalID's: "lajigis:http://tun.fi/KE.921/LGE.31831/31831"
     • Tieto iNaturalistissa:
       • Havainnon tunniste löytyy hekpoiten selaimen osoiteriviltä (osoitteen loppuosa), kun olet havaintosivulla iNaturalistissa.
       • AdditionalID's: "inaturalist:12345"
     • Tieto Vihkossa:
       • AdditionalID's: "vihko:http://tun.fi/JX.145311#2"
       • Lisätietoa: Duplicate occurence data in Vihko and Kotka

Haku ja Excel-export

1. Hakutuloksista näyttäisi puuttuvan joitain näytteitä, mistä on kyse?
   • Ole hyvä ja tarkista hakukriteerisi: onko käytössä jokin hakuehto tai suodatin, joka poistaa jotkin näytteet hakutuloksista? Esim. onko editointipäivärajaus liian tiukka tai onko kokoelma väärä? Kokoeile hakea kokoelmapuulla (collectionTree)? Joku muu editoriksi? "Only accepted" ruksittuna?
   • Joskus Kotkassa esiintyy viiveitä ja virheitä näytetietojen indeksoitumisessa hakutietokantaan, joten voit joutua odottamaan hetken, jos juuri syötit tiedot.
   • Kts. myös seuraava kysymys.
2. Miksi haku ei löydä näytettä, jonka hetki sitten tallensin?
   • Joskus näytetietojen indeksoinnissa hakutietokantaan on viiveitä. Tavallisesti viive on maksimissaan muutaman minuutin. Vaikka indeksoinnissa olisi satunnaisia isompia ongelmia, tietojen pitäisi kuitenkin tulla näkyviin viimeistään seuraavana päivänä. Jos tällaisia ongelmia esiintyy usein, viive on tätä pitempi, tai ongelma ei poistu, ota yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi
   • Useimmiten ei ole syytä huoleen siitä, että data olisi kokonaan kadoksissa. Data on tallessa varsinaisessa tietokannassa, mutta se ei ole vain indeksoitunut hakutietokantaan.
   • Muista myös tarkistaa hakukriteerisi. Esim. ota ruksi pois "Only accepted"-filtteristä jos juuri syöttämäsi taksonin nimi ei ole hyväksytty nimi.
3. En löydä tiettyä kenttää, jotta voisin hakea siitä tai saada sen hakutulostaulukkoon?
   • Haussa joillain kentillä voi olla eri nimi kuin niiden otsikko tallennuslomakkeella (historiallisista syistä). Esim. Specimen location -kentän hakukenttänimi on DocumentLocation ja Collector's ID -kentän hakukenttä on LegID.
   • Haun asetuksissa pystyt selaamaan kaikkia haettavissa olevia kenttiä (filter options tai result options). Haussa on käytettävissä myös ns. pseudokenttiä, jotka auttavat hakujen tekemisissä mutta jotka eivät ole varsinaisia tallennuskenttiä (esim. TaxonAndInfra)
   • Jotkin Sample-osion kentät eivät ole vielä käytettävissä Specimen-haussa (kokeile Preparation/sample-hakua)
4. Hakutulosten määrä ja rivien määrä Excel-exportissa eivät täsmää, Excelistä näyttäisi puuttuvan joitain näytteitä. Miksi?
   • Kotkan haku näyttää ja laskee määrityksiä (identification) ja uniteja (specimen/observation, seuralaislaji) omilla riveillään. Exportissa puolestaan on yksi rivi per dokumentti ja määritykset ja unitit on sarakkeina. Hakusi saattaa sisältää dokumentteja, joilla on useita määrityksiä tai uniteja. Näiden vaikutuksen eliminoimiseksi ja numeroiden vastaavuuden tarkistamiseksi, käytä haussa ehtoa firstInDocument: "true" lisänä (muista silti laskea Excelin kaksi otsikkoriviä).
   • Jos numerot eivät edelleenkään vastaa toisiaan, koeta saada selville mikä tai mitkä näytteet exportilta tarkalleen ottaen puuttuvat ja ota yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi

Kokoelmat, organisaatiot ja tagit

1. Organisaatiolistalta puuttuu organisaatio ja tarvitsen sitä näytteelle tai lainalle. Miten lisään organisaation?
   • Ole hyvä ja varmista, että organisaatio todella puuttuu listalta (etsi eri hakuehdoilla kaikista eri organisaation kentistä). Duplikaattiorganisaatiot ovat jatkuva ongelma.
   • Lisätäksesi organisaation, mene yläpalkin valikosta Organizations → Add organization
   • Organisaatio on käytettävissä näytelomakkeilla ja transaktiolomakkeella viimeistään seuraavana päivänä.
2. Miten voin poistaa transaktion/organisaation/datasetin?
   • Vain ylläpito voi poistaa transaktioita ja organisaatioita. Ota yhteyttä ylläpoitoon kotka(at)luomus.fi ja anna hyvät perustelut poistolle (duplikaattitieto tms.)
   • Varmista, ettei resurssia ole käytetty Kotkassa esim. näytteille, transaktioille jne.
   • Käyttäjä voi itse poistaa tagin sen editointilomakkeella kahden viikon kuluessa sen luomisesta, ja jos sitä ei ole käytetty näytteillä tai organisaatioilla.
3. Haluan siirtää joukon näytteitä kokoelmasta toiseen, miten teen sen?
   • Tee haku, joka sisältää siirrettävät näytteet ja ota Excel-export Kotka-formaatissa. Muuta CollectionID Excelissä, tallenna muutokset tiedostoon ja importoi taulukko takaisin Kotkaan. Jaa tiedosto haussa useampaan osaan, jos näytteitä on enemmän kuin 10 000 (nykyinen export/import -raja).

Etiketit

1. LabelDesignerista puuttuu joitain kenttiä, jotka haluaisin lisätä etiketille. Mistä löydän kentät?
   • LabelDesignerissa on käytettävissä tällä hetkellä ne kentät, joita on aiemmin käytetty etiketeillä Kotkassa.
   • Jos tarvitset työkaluun käytettäväksi uuden kentän, ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi

Tunnisteet

1. Miten saan oman nimiavaruuden (NamespaceID) näytetunnisteiden luomiseen?
   • ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi ja pyydä nimiavaruustunnistetta
   • Huom. nimiavaruustunnisteiden ei tarvitse olla henkilökohtaisessa käytössä, niiden käyttö voidaan myös jakaa joissakin tilanteissa.
2. Miten näytetunnisteet rakentuvat?
   • Näytetunnisteet koostuvat skeemaosasta (http://), domain-osasta (esim. id.luomus.fi tai tun.fi), nimiavauustunnisteesta (namespaceID; esim. HT tai GAJ) ja ObjectID-osasta (usein juokseva numero). Lisää näytetunnisteista.
3. Nimiavaruus HT: miten sitä käytetään? Ketkä käyttävät sitä? Mikä sen tarkoitus on?
   • Nimiavaruus HT on käytössä näytetunnisteiden automaattisessa generoinnissa webbilomaketallennuksessa. Jos NamespaceID ja ObjectID -kentät jätetään webbilomakkeella tallentaessa tyhjäksi, näyte saa seuraavan vapaan numeron HT-nimiavaruudesta automaattisesti. HT-nimiavaruutta voi käyttää kuka vain käyttäjä kaikille datatyypeille (zoo, botany, paleo, accessions, microbial) kaikissa domaineissa. Domain perustuu käyttäjälle määriteltyyn oletusdomainiin (tarkistettava!). Automaattista näytetunnisteiden generointia ei voi käyttää Excel-tuonnissa. HT-nimiavaruuden tarkoitus on helpottaa datan tallennusta.
4. Miten voin luoda näytetunnisteita toiseen domainiin, esim. tun.fi alle kun oletuksena ne tulevat id.luomus.fi alle?
   • Excel-importissa: lisää haluttu domain nimiavaruuden eteen MYNamespace-sarakkeeseen, esim. "tun:AA"
   • Tee samoin webbilomakkeella
   • Huom! Joitain nimiavaruuksia voi käyttää vain tietyssä domainissa tai tietyille datatyypeille

Datan julkisuus ja julkaiseminen

1. Missä Kotkan data julkaistaan? Onko se laji.fi:ssä ja GBIF:ssä?
   • Kotkan data julkaistaan laji.fi -portaalissa. Toistaiseksi puutarhojen kasvikannat ovat ainoat, joita ei vielä julkaista. Sensitiivisten lajien tietoja ei näytetä täydellisinä vaan ne karkeistetaan. Tämä tehdään automaattisesti sensitiivisten lajien luettelon mukaisesti. Rajoituksia julkisuudelle voi asettaa myös manuaalisesti Kotkassa (Publicity restrictions -kenttä). Lisätietoa sensitiivisten lajien tietojen hallinnasta Lajitietokeskuksessa: https://laji.fi/en/about/709
   • Kotkan data menee pääosin GBIF:lle ja julkaistaan siellä. Voit selata kaikkia LAjitietokeskuksen GBIF:ssä julkaisemia datasettejä esim. tästä linkikstä: https://www.gbif.org/dataset/search?offset=20&hosting_org=04fd2e13-6881-4e5c-9dd1-8fdd9ab993c1
2. Miten nopeasti data menee Kotkasta laji.fi:hin?
   • Data kulkee Kotkasta Lajitietokeskuksen tiertovarastoon ja on näkyvillä laji.fi:ssä melkein samantien. Toisinaan voi esiintyä muutamien minuuttien viiveitä, mutta tämän pitempiä viiveitä ei pitäisi tulla. Jos näin käy, ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi.
3. Tallennan näytteitä sensitiivisistä lajeista. Miten voin varmistaa, ettei tarkkaa keruupaikkatietoa julkaista?
   • Jos kyseessä on suomalainen näyte, sen paikkatiedot karkeistetaan automaattisesti asiantuntijoiden määrittelemän sensitiivisten lajien luettelon mukaisesti (https://laji.fi/en/about/709). Jos kyseessä on ulkomainen näyte, voit merkitä sen valinnalla "protected" kentässä Publicity restrictions. Kts. lisätietoja sivulta Näytedatan tallennus
4. Tallennan muun tyyppistä sensitiivistä tietoa (ei sensitiivisiä lajeja). Sen on tarpeen olla Kotkassa, mutta se ei saa päätyä julkiseksi. Miten toimin?
   • Riippuen datasta ja sensitiivisyydestä, on olemassa muutamia vaihtoehtoja. Ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi niin ratkaistaan asia tapauskohtaisesti.
5. Joillain näytteillä on kuvia Kotkassa, jotka eivät kuitenkaan näy laji.fi:ssä. Miksi? Mitä teen?
   • Kotkassa on välillä esiintynyt ongelmia massatallennettujen kuvien siirtymisessä tietovarastoon ja laji.fi:hin. Ongelmia on korjattu, mutta jos niitä tulee yhä vastaan, ota yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi, selosta tilanne ja anna esimerkkejä.
6. Kokoelmani näytemäärät eivät täsmää Kotkan ja laji.fi:n välillä. Mikä on vialla?
   • Jos laji.fi:ssä näkyy vähemmän näytteitä kuin Kotkassa: varmista, ettei laji.fi:ssä ole ruksittuna jotain ylimääräistä hakufiltteriä. Oletuksena laji.fi ei näytä havaintoja, jotka on merkitty ongelmallisiksi (ongelmia esim. koordinaateissa). Näiden sisällyttämiseksi tuloksiin, muuta filttein asetus kuten kuvassa alla.
   • Erot lukumäärissä voivat selittyä myös laji.fi:n ja Kotkan erilaisilla laskutavoilla (ne laskevat dokumentteja, unitteja ja määrityksiä hieman eri tavoin eri tilanteissa). Yritä säätää hakuehtoja Kotkassa ja ruksaa esim. "only accepted" ja katso alkavatko luvut täsmätä.
   • Joihinkin kasvikokoelmiin tulee laji.fi:ssä dataa sekä Kotkasta että Kastikasta, tämä voi selittää eroja.
   • Jos lukumäärien erot eivät selity helposti etkä keksi mistä on kyse, ota yhteyttä ylläpitoon kotka(at)luomus.fi niin pähkäillään yhdessä.