Skip to Content
Last modified by Anniina Kuusijärvi on 2024/10/21 15:06
Show last authors
1 == Kotkasta ==
2
3 **Kotka** on [[Suomen Lajitietokeskuksessa>>url:http://laji.fi/||shape="rect"]] rakennettava **näytekokoelmien hallintajärjestelmä** kaikkien eliöryhmille näytteille, kudosnäytteille, fossiileille sekä kasvitieteellisten puutarhojen kokoelmille. Kotkaa on kehitetty "in-house" Luonnontieteellisessä keskusmuseossa Luomuksessa vuodesta 2011 alkaen, ja sen kehitys jatkuu edelleen osana [[Suomen Lajitietokeskuksen>>url:http://laji.fi||shape="rect"]] tietojärjestelmäkehitystä. Kotkan kehitys ja ylläpito on osa Luomusken kansallisia velvoitteita ja sen käyttö on maksutonta suomalaisille luonnontieteellisille kokoelmille.
4
5 === Tavoitteet ===
6
7 Kotkan tavoitteena on:
8
9 * Tehdä kokoelmanhallinnasta tehokkaampaa ja virtaviivaisempaa
10 * Saada kokoelmat ja näyteaineistot saavutettavammiksi ja siten kasvattaa niiden tieteellistä ja muuta käyttöä
11 * Parantaa kokoelmien ja näytedatan laatua
12
13 === Työkaluja ===
14
15 Kotkassa on selainkäyttöisiä **työkaluja**:
16
17 * Datan syöttöön, muokkaukseen ja katseluun koskien
18 ** kokoelmia - metatietoa luonnontieteellisistä kokoelmista
19 ** näytteitä - monipuolista dataa museonäytteistä
20 ** datasettejä - eräänlainen "tagi" jolla voi niputtaa näytteitä yhteen
21 ** preparaatteja - dataa DNA- ja kudosnäytteistä sekä selkärankaispreparaateista
22 ** puutarhojen eläviä kokoelmia - puutarhojen kasvikannat ja sijoitukset, hoitotoimet
23 ** organisaatioita - esim. yhteystietoja lainanhallintaan
24 ** materiaalitransaktioita - lainat, vaihdot ja lahjoitukset museoiden välillä ja puutarhojen siemenvaihto
25 ** ABS-tietoja - Nagoyan protokollan ja muiden tietojen saavutettavuutta ja jakoa koskevien säännösten noudattaminen
26 * Näytetietojen tallennukseen Excel-taulukosta
27 * Datan validointiin
28 * näytteiden hakuun, tilastojen ja raporttien luontiin
29 * puutarhasijoitusten ja preparaattien hakuun
30 * datan eksportoimiseen Excel-tiedostoon
31 * Etikettien suunnitteluun ja luomiseen: LabelDesigner
32 * lainanhallintaan
33 * datan jakamiseen Suomen Lajitietokeskuksen tietovarastoon, laji.fi
34
35 === Periaatteita ===
36
37 * Kotkassa on primaaridata. Kotkaan tallennettua dataa ei päivitetä muualla.
38 * Kaikki Kotkan käyttäjät näkevät kaiken datan Kotkassa mutta voivat editoida vain oman organisaationsa dataa.
39 * Kaikki Kotkaan tallennettu data säilytetään pysyvästi, ja vanhoihin versioihin datasta voidaan palata.
40 * Kotkan datarakenne on joustava ja painottaa nopeaa kehitystä ja hyödyllisyyttä erilaisissa tilanteissa.
41 ** Dataformaatti perustuu hyvin löyhästi ABCD -standardiin, mutta käyttää monia omia tietokenttiä. Kentät on mapattavissa DarwinCore -standardiin melko helposti.
42 ** Datamallia laajennetaan tarpeen vaatiessa. Vain harva kenttä on pakollinen.
43 ** Datamalli on hierarkinen, ja sallii, että yksi dokumentti sisältää useita havaintoja, määrityksiä, preparaatteja ja tyyppinäytetietoja (esim. herbaarionäyte jossa on useita eri kasveja, joilla kaikille on useita määrityksiä)
44 ** Suurin osa datasta on denormalisoitua (esi. mikä tahansa lajinimi tai kerääjänimi voidaan tallentaa)
45 ** voidaan tallentaa sekä näytteitä että muunalisia havaintoja
46 * Taksonomian hallinta, käyttäjähallinta ja jotkin validoinnit on ulkoistettu muihin Lajitietokeskuksen järjestelmiin ja palveluihihin
47 * Suomen Lajitietokeskuksen aineistopolitiikan mukaisesti Kotkaan tallennettu data on avointa dataa, muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta (esim. sensitiiviset lajit)
48 * Kaikki resurssit saavat uniikit HHTP URI -tunnisteet
49 * Kaikkien Suomen luonnontieteellisten museoiden käytettävissä
50
51 ==== Kehityksen periaatteita ====
52
53 * Kehitetään ketterin ohjelmistokehityksen menetelmin. Uusia ominaisuuksia julkaistaan tarpeen vaatiesssa
54 * Järjestelmää testataan ja se on integroitu staging -palevlimelle (kotkatest.luomus.fi)
55 * Moderni selainpohjainen käyttöliittymä
56 * joustava ei-relaatiotietokanta, jossa data on enimmäkseen denormalisoitua
57 * Dataa haetaan, jaetaan ja julkaistaan hakutietokannan kautta (Elastic Search). Se sisältää sekundaarisen kopion datasta, joka on optimoitu hakuja varten
58 * Olemassaolevien työkalujen hyödyntäminen: Lajitietokeskuksen järjestelmät, ontologiat, Excel-työkalut, avoimen lähdekoodin kirjastot jne.
59 * Yksinkertaisuus ja joustavuus
60 * Koodi julkaistaan MIT-lisenssillä avoimena lähdekoodina [[https:~~/~~/bitbucket.org/luomus/kotka/src/master/>>url:https://bitbucket.org/luomus/kotka/src/master/||shape="rect"]]
61
62 === Teknologia ===
63
64 * Backend PHP ja Zend framework
65 * Frontend Bootstarp, jQuery, ja useita muita avoimen lähdekoodin kirjastoja
66 * (% style="color:#ff0000" %)Primaaridata tällä hetkellä ontologiatietokannassa, joka perustuu Oraclen relaatiotietokantaan. Siirtyminen tehokkaampaan Oracle JSON dokumenttitoetokantaan on suunnitteilla
67 * Hakutoiminnot perustuvat ElasticSearchiin
68 * Data julkaistaan Suomen Lajitietokeskuksen tietovaraston kautta (Vertica)
69 * Koodi BitBucketissa: [[https:~~/~~/bitbucket.org/luomus/kotka>>url:https://bitbucket.org/luomus/kotka/src/master/||shape="rect"]]
70 * Perustana pääosin RESTful APIt
71
72 === Esimerkkejä datasta ===
73
74 * Luomuksen kokoelmat: [[http:~~/~~/tun.fi/HR.128>>url:http://tun.fi/HR.128||shape="rect"]]
75 * Hyönteisnäyte: [[http:~~/~~/id.luomus.fi/GL.3951>>url:http://id.luomus.fi/GL.3951||shape="rect"]]
76 * Jäkälänäyte: [[http:~~/~~/id.luomus.fi/HA.H9506963>>url:http://id.luomus.fi/HA.H9506963||shape="rect"]]
77 * Tyyppinäytteet Luomuksen kokoelmissa: [[https:~~/~~/kotka.luomus.fi/types/by-collection?uri=http:~~/~~/tun.fi/HR.128>>url:https://kotka.luomus.fi/types/by-collection?uri=http://tun.fi/HR.128||shape="rect"]]
78
79 == Käyttäjät ==
80
81 Kotkaa käytetään seuraavissa organisaatioissa (09/2021):
82
83 * Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus, Helsingin yliopisto
84 * Eläinmuseo ja kasvimuseo, Oulun yliopisto
85 * Eläinmuseo ja kasvimuseo sekä kasvitieteellinen puutarha, Turun yliopisto
86 * Kuopion luonnontieteellienn museo
87 * Luontomuseo, Jyväskylän tiedemuseo, Jyväskylän yliopisto (+ kasvitieteellinen puutarha)
88 * Kieppi, Kokkolan luonnontieteellinen museo
89 * Luonnontieteelliset kokoelmat, Pohjanmaan museo
90 * Lapin maakuntamuseo
91 * Luontotalo Arkki, Satakunnan museo, Porin kaupunki
92 * Forssan luonnonhistoriallinen museo
93 * HAMBI mikrobikokoelmat, Helsingin yliopisto
94 * Tampereen luonnontieteellinen museo
95 * Porvoon museo, luonnontieteelliset kokoelmat
96 * Iisalmen luontomuseo
97
98 (((
99
100 )))
101
102 (((
103 **Yhteystiedot**
104 )))
105
106 Kotkan kehityksestä vastaavat Luomuksen Biodiversiteetti-informatiikan yksikön ICT- ja Lajitietotiimit
107
108 * Anniina Kuusijärvi - product owner, **kotka(ät)luomus.fi**
109 * Käyttäjätunnusasiat - kotka(ät)luomus.fi
110
111 == Käyttöohje ==
112
113 Huomaa että **[[Kotkan käyttöohjeet ovat pääosinosin englanniksi>>doc:digit.Kotka Collection Management System.Manual for Kotka.WebHome]]**, ja osin tässä suomeksi.
114
115
116
117 {{children/}}
118
119 == Yhetystiedot ja viestintä ==
120
121 Kotkaa kehitetään luonnontieteellisessä keskusmuseossa [[Luomuksessa>>url:http://www.luomus.fi/||shape="rect"]]
122
123 Product Owner Anniina Kuusijärvi, kotka(at)luomus.fi
124
125 Kotkalla on Yammer ryhmä ja sähköpostilista, joihin voi liittyä saadakseen uusimmat tiedot Kotkan kehityksestä, huoltokatkoista ym. Ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi, jos haluat liittyä Yammer-ryhmään tai sähköpostilistalle.
126
127 == Osoitteet ==
128
129 * **Kotka: [[https:~~/~~/kotka.luomus.fi>>url:https://kotka.luomus.fi/||shape="rect"]]**
130 * **Kotkan testiversio: [[https:~~/~~/kotkatest.luomus.fi>>url:https://kotkatest.luomus.fi/||shape="rect"]]** - Tätä voi käyttää Kotkan käytön harjoitteluun ja siihen voi tallentaa keksittyjä tietoja. Tunnuksen ja salasanan tänne saa Kotkan ylläpidolta.
131
132 == Lisätietoa ==
133
134 * Julkisiin kokoelmien kuvauksiin ja näytetietoihin pääsee tutustumaan Lajitietokeskuksen [[laji.fi-portaalissa>>url:http://laji.fi/||shape="rect"]]
135 * [[Kotkan esittely Prezissä>>url:http://prezi.com/kpq6_y25fsvt/kotka/||shape="rect"]]
136
137