Luonnos tyyppinäytteiden digitoinnissa kerättäviksi tiedoiksi (liite 3)

Last modified by mqheikki@helsinki_fi on 2024/02/07 06:49

Luettelo ei ota kantaa siihen, mitä tietoja uusista tyyppinäytteistä tulisi tallentaa (todennäköisesti tarkempia tietoja).

Pakolliset tiedot on merkitty asteriskilla*. Nämä jätetään tyhjäksi vain jos asia ei ole tiedossa.

Kaikki vapaamuotoiset tiedot kirjoitetaan englanniksi. Päivämäärätiedot merkitään ISO 8601-standardin mukaisesti (ISO 2004). Artikkelitiedot tallennetaan yhtenäisessä muodossa Annales Zoologici Fennici -lehden ohjeiden mukaan (AZF julkaisuaika tuntematon), ja verkossa julkaistuista myös DOI-tunniste tai URL-osoite merkittynä etuliitteellä DOI: tai URL:. Tarkempia tietoja esim. tallennustavan tarkkuudesta päätekstissä.

Kunkin tiedon ohessa kerrotaan vastaavuus FMNH2008-tietomallin (Lahti 2008) kanssa. Se kertoo mihin elementteihin tieto voidaan sijoittaa kun se siirretään FMNH2008:n mukaiseen tietomalliin. Jatkossa kannattaa pohtia mitä tehdä tiedoille, joille ei löydy suoraa vastaavuutta FMNH2008-tietomallista. Tässä on esitetty alustava pohdintaa tietojen sijoittamisesta tai uusista elementeistä.

Nimien ja niihin liittyvien tietojen (esim. taksonikonseptin tarkentava viite (Berendsohn ym. 2003)) tallentaminen tähän skeemaan muodostuu helposti monimutkaiseksi. Siksi kannattaisi mahdollisimman pian siirtyä käyttämään erillistä taksonomista tietokantaa. Tällöin tietoa nimien välisistä suhteista voitaisiin myös käyttää helposti muissakin yhteyksissä kuin näytetietokannassa.

Perustiedot

*Alkuperäinen lajinimi

Suvun nimi ja lajiepiteetti välilyönnillä erotettuina.

Vastaavuus:

Unit/Identifications/Identification/Result/TaxonIdentified/ScientificName/NameAtomised/NameZoological/

  • -         Suvun nimi: GenusOrMonomial
  • -         Lajiepiteetti: SpeciesEpithet

tai

  • -         viite ulkoiseen tietokantaan

*Alkuperäinen alalajinimi

Pelkkä alalajinimi, ei esim. lyhennettä ssp.

Vastaavuus:

Unit/Identifications/Identification/Result/TaxonIdentified/ScientificName/NameAtomised/NameZoological/

  • -         SubspeciesEpithet

tai

  • -         viite ulkoiseen tietokantaan

*Viite lajinkuvausartikkeliin

Täydellinen kirjallisuusviite. Jos tarkkoja tietoja ei ole saatavilla, tallennetaan ainakin auktori ja vuosiluku.

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/NomenclaturalTypeDesignations/NomenclaturalTypeDesignation/NomenclaturalReference/

  • -         Viite ja DOI: TitleCitation
  • -         URL: URI

Artikkelin arkistointipaikka

Miten artikkeli arkistoitu Luonnontieteellisessä keskusmuseossa: print tai digitized.

Vastaavuus:

  • -         Ei ole. Voidaan tallentaa standardimuodossa artikkelin tietoihin, esimeriksi "ARC:print".

*Tyyppistatus

Täytetään jos on aihetta epäillä näytettä tyyppinäytteeksi. Sallitut arvot: holotype, syntype, paratype, lectotype, paralectotype, neotype, hapantotype, 0 (= ei tyyppinäyte).

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/NomenclaturalTypeDesignations/NomenclaturalTypeDesignation/

  • -         TypeStatus

*Tyyppistatuksen varmuus

Tämä on pakollinen, jos status-kohta täytetty. Sallitut arvot: verified, unverified.

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/NomenclaturalTypeDesignations/NomenclaturalTypeDesignation/

  • -         DoubtfulFlag

*Tyyppistatuksen metatieto

Tietoa varmistustavasta: tekijä, päivämäärä ja peruste, tai kirjallisuusviite. Tiedot erotetaan puolipisteellä.

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/NomenclaturalTypeDesignations/NomenclaturalTypeDesignation/

  • -         Verifier/FullName
  • -         VerificationDate
  • -         VerificationNotes
  • -         Kirjallisuusviitteelle ei vastaavuutta. Voidaan tallentaa vapaatekstinä VerificationNotes-elementtiin. Lapsielementiksi VerificationNotes/Reference tai useampi NomenclaturalReference-elementti, joille jokaiselle merkityksen kuvaava elementti?

*Viite designaatioon lekto- ja neotyypeillä

Täydellinen kirjallisuusviite. Jos tarkkoja tietoja ei ole saatavilla, tallennetaan ainakin auktori ja vuosiluku.

Vastaavuus:

  • -         Ei ole. Voidaan tallentaa vapaatekstinä VerificationNotes-elementtiin.

*Näytteen tunniste (kokoelmanumero tms.)

Uudesta LSID-muotoisesta tunnisteesta tähän kirjoitetaan nimiavaruuden ja objektin tunniste (esim. "G:123"), joka täydennetään tallennusvaiheessa automaattisesti kokopitkäksi.

Vastaavuus:

Unit/

  • -         UnitGUID

*Muut saman tyyppisarjan näytteet

Mielellään jokaisesta tunniste, muodossa "ID:G:123" (erottelu puolipisteellä). Myös puolipisteellä erotettuna, jos näytteet ovat toisen organisaation hallussa.. Jos tunnisteita ei saatavilla, vapaamuotoinen kuvaus, mm. näytteiden määrä ja sijainti.

Vastaavuus:

  • -         Ei vastaavuutta. Voidaan tallentaa vapaatekstinä VerificationNotes tai Unit/Notes-elementtiin. Uusi lapsielementti elementille Unit/SpecimenUnit/NomenclaturalTypeDesignations/NomenclaturalTypeDesignation/?

Näytteen säilöntätapa

Vapaamuotoinen kuvaus tai jokin erikseen määriteltävistä arvoista.

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/Preparations/Preparation

  • -         PreparationType
  • -         Attribuutille Preparation/@sequence annetaan tässä arvo 1 (= ensisijainen näyte).

Kunto ja puutteet

Vapaamuotoinen kuvaus, jos ei ilmene valokuvasta.

Vastaavuus:

  • -         MeasurementOrFactAtomised

Sukupuoli

Jokin arvoista M, F, U, N, X (FMNH2008:n tukemia arvoja). Tulkintatapa tai kirjallisuusviite puolipisteellä erotettuna, jos tiedossa.

Vastaavuus:

Unit/

  • -         Sukupuoli: Sex

tai

  • -         MeasurementOrFactAtomised

Ikä tai kehitysvaihe

Vapaamuotoinen kuvaus tai jokin erikseen määriteltävistä arvoista. Tarvittaessa tulkintatapa tai kirjallisuusviite puolipisteellä erotettuna.

Vastaavuus:

Unit/

  • -         Ikä: Age

tai

  • -         MeasurementOrFactAtomised

Kasti

Vapaamuotoinen kuvaus tai jokin erikseen määriteltävistä arvoista. Tarvittaessa tulkintatapa tai kirjallisuusviite puolipisteellä erotettuna.

Vastaavuus:

  • -         MeasurementOrFactAtomised

Yksilömäärä

Tarkka lukumäärä tai vapaamuotoinen kuvaus, jos digitoitu näyte edustaa koko tyyppisarjaa, tai jos tyyppisarja digitoidaan yhtenä kokonaisuutena.

Vastaavuus:

  • -         MeasurementOrFactAtomised

Loisilla isäntälaji

Suvun nimi ja lajiepiteetti välilyönnillä erotettuina. Tarvittaessa määritystiedot puolipisteellä erotettuna.

Vastaavuus:

Unit/Identifications/Identification/Result/TaxonIdentified/ScientificName/NameAtomised/Zoological

  • -         GenusOrMonomial ja SpeciesEpithet, samalla Identification/ResultRole = host ja näytteen Identification/ResultRole = parasite.

tai

  • -         MeasurementOrFactAtomised

tai

  • -         viite ulkoiseen tietokantaan

Paikka

Paikannimet laajimmasta suppeampaan, erotettuina puolipisteellä. Kirjoitusasu sama kuin etiketissä, esim. "Finland;Helsingfors; Vik". Jos maa ei ole tiedossa, jätetään ensimmäinen kohta tyhjäksi, esim. ";Port Natal".

Vastaavuus:

Unit/Gathering/

  • -         Maa: Country/Name
  • -         Paikka: NamedAreas/NamedArea/AreaName, samalla AreaClass = Full locality

Koordinaatit, järjestelmä, datum ja laajuus

Jos nämä eivät ole tiedossa, kannattaa miettiä missä vaiheessa ne määritetään paikannimien perusteella (ks. pääteksti).

Keruupaikka koordinaattipisteenä: pohjois- ja itäkoordinaatti erotettuna kaksoispisteellä. Suositeltu muoto on desimaaliasteet WGS84-datumilla, mutta myös UTM- ja erilaiset ruutukoodinaatit käyvät. Minuutti/sekuntipohjaiset koordinaatit voidaan muuntaa desimaaleiksi tai tallentaa sellaisenaan, jos niitä käytetään pituus- ja leveyspiirien muodostaman "ruudun" yksilöimiseen.

Koordinaattijärjestelmä: dd (decimal degrees), ddm (degrees and decimal minutes), dms (degrees, minutes and seconds), ykj (yhtenäiskoordinaatisto), kkj (kartastokoordinaatisto), utm tai muu yleisesti käytetty lyhenne (jonka selitys metatiedoissa).

Datum: wgs84, Kansainvälinen 1924, EUREF-FIN tai muu yleisesti käytetty lyhenne (jonka selitys metatiedoissa).

Laajuus tallennetaan metreinä.

Metatiedot vapaamuotoisena kuvauksena. Tarvittaessa kirjallisuusviite puolipisteellä erotettuna.

Vastaavuus (desimaaliasteet, WGS84):

Unit/Gathering/SiteCoordinateSets/SiteCoordinates

  • -         Koordinaatit: CoordinatesLatLong/LatitudeDecimal ja CoordinatesLatLong/LongitudeDecimal
  • -         Järjestelmä: ruutukoordinaateilla CoordinatesGrid/Grid Cell System. WGS84- ja UTM-koordinaateilla päätellään käytetystä elementistä.
  • -         Datum: CoordinatesLatLong/SpatialDatum
  • -         Laajuus: CoordinatesLatLong/CoordinateErrorDistanceInMeters
  • -         Metatiedot: CoordinatesLatLong/CoordinateMethod

Keruuaika

Päivämäärä tai päivämääräväli.

Vastaavuus:

Unit/Gathering/DateTime

  • -         Päivämäärä: ISODateTimeBegin
  • -         Päivämääräväli: ISODateTimeBegin ja ISODateTimeEnd

Kerääjä

Nimi ja merkitys puolipisteellä erotettuna. Merkitys: 1 = kerääjä, 0 = välittäjä. Jos merkitystä ei tiedetä, ei numeroa merkitä.

Vastaavuus:

Unit/Gathering/Agents/GatheringAgent/Person

  • -         FullName. Jos tiedetään onko henkilö kerääjä vai välittäjä, asetetaan arvo (0 tai 1) attribuutille Gathering/Agents/GatheringAgent/@primarycollector

*Näytteen sijainti kokoelmassa

Vapaamuotoinen kuvaus, esim. näytekaapin- ja laatikon numero.

Vastaavuus:

  • -         Ei ole. Voidaan tallentaa vapaatekstinä Unit/Notes-elementtiin. Uusi lapsielementti elementille Specimen Unit?

*Valokuvien arkistointipaikka

Vapaamuotoinen kuvaus.

Vastaavuus:

Unit/MultiMediaObjects/MultiMediaObject/

  • -         Comment

Etikettitekstit aukikirjoitettuna

Vapaamuotoisesti. Jos esim. paikannimi ja kerääjätieto ovat

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/Marks/Mark

  • -         MarkText

Maastotunniste

Maastossa näytteelle annettu tunniste.

Vastaavuus:

Unit/

  • -         CollectorsFieldNumber

Aiemmat kokoelmat

Organisaation ja kokoelman nimi tai tunniste, sekä näytteen tunniste siinä. Jos tätä tietoa on näytteillä harvoin, voidaan se tallentaa vapaatekstinä ja muokata myöhemmin käsin.

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/History/PreviousUnits/PreviousUnit/

  • -         Organisaatio: PreviousSourceInstitutionID
  • -         Kokoelma: PreviousSourceID
  • -         Tunniste: PreviousUnitID

Preparaatit

Preparaatin tyyppi (vapaamuotoisesti tai jokin erikseen määriteltävistä arvoista) ja sijainti (vapaamuotoisesti).

Vastaavuus:

Unit/SpecimenUnit/Preparations/Preparation

  • -         Preparaatin tyyppi: PreparationType
  • -         Sijainti: ei ole. Voidaan tallentaa vapaatekstinä PreparationProcess-elementtiin.
  • -         Attribuutille Preparation/@sequence annetaan tässä arvo 2 tai suurempi (= ei ensisijainen näyte).

Analyysit

Vapaamuotoisesti. Mahdollinen kirjallisuusviite tai tunniste (esim. "ID:12345") puolipisteellä erotettuina.

Vastaavuus:

  • -         MeasurementOrFactAtomised

tai

  • -         Unit/Notes

Lisätiedot

Vapaamuotoisesti.

Vastaavuus:

Unit/

  • -         Notes

*Viimeisin muokkauspäivä ja muokkaaja

Päivämäärä ja nimi puolipisteellä erotettuina, esim. "20080101; Matti Meikäläinen".

Vastaavuus:

Unit/

  • -         Muokkauspäivä: DateLastEdited
  • -         Muokkaaja: LastEditor

Lisänimistötiedot

Lisäksi kunkin näytteen yhteyteen voidaan tallentaa lisää nimistötietoa. Myös nämä kannattaa tallentaa erilliseen taksonomiseen tietokantaan.

  • Nykyinen alalajinimi
  • Nykyinen lajinimi
  • Nykyisen alalaji- tai lajinimen viite
  • Luokitteluhierarkia (laajuus harkittava tapauskohtaisesti)

Metatiedot kokoelmasta

Näistä on Luonnontieteellisessä keskusmuseossa suunnitteilla tarkempi suositus (Hanna Koivula, keskustelu 27.3.2008). Metatietojen kannattaa sisältää ainakin seuraavat tiedot:

  • Kokoelman nimi tai tunniste
  • Organisaation nimi tai tunniste
  • Erikoistiedot (Kokoelmaan ja sen näytteiden käyttöön liittyvät erikoistiedot. Esim. Mannerheimin kokoelmasta tietoja sen historiasta (Silfverberg 2008) ja paikkalappujen tulkinnasta.)

Tulkinnat

Kaikki tulkinnat ja mittaustulokset voidaan FMNH2008:ssa tallentaa elementtiin MeasurementOrFact/MeasurementOrFactAtomised/

  • -         Tulkitsija: MeasuredBy
  • -         Aika: MeasurementDateTime
  • -         Menetelmä tai perusteet: Method
  • -         Tulos: LowerValue
  • -         Mittayksikkö: UnitOfMeasurement
  • -         Tarkkuus: Accuracy
  • -         Viite: MeasurementOrFactReference
  • -         Tulkintatapa: isQuantitative