Tyyppinäytteiden erikoistiedot

Tyyppinäytteet ovat käytännössä tavallisia eliönäytteitä, joihin liittyy tavanomaisten tietojen lisäksi niiden tyyppinäytestatukseen liittyviä tietoja.

Tyyppinäytestatus

Jos näyte on designoitu tai todettu jonkinlaiseksi tyyppinäytteeksi, täytyy sen status merkitä muistiin. Yleensä tämä on tehty yksinkertaisesti liittämällä näytteeseen etiketti, jossa status kerrotaan (Kuva 6). Ongelmia kuitenkin syntyy, jos samalla ei kerrota mihin merkintä perustuu. Vaikka tieto olisi sinänsä oikea, ei sitä pysty erottamaan muista, epävarmoista merkinnöistä (ks. s. 4). Siksi on lisäksi merkittävä, mihin statusmerkintä perustuu.

Tietokannassa statusarvoa ei välttämättä tarvitse merkitä suoraan näytteeseen. Moretax-tietokantamallin tyyppinäyte-lisäosassa (Kusber ym. 2003) kukin tyyppinäyte liitetään designaatioon, jossa sille määritellään tyyppinäytestatus. Samalla näytteeseen voidaan yhdistää myös kaikki muu designaatioon liittyvä tieto, kuten nimi, lajinkuvausviite ja statuksen varmistaja. Mallissa yhteen näytteeseen voidaan liittää useampia designaatioita.

Tyyppisarja

Yksittäisen tyyppinäytteen merkitys ja käyttö riippuu myös saman tyyppisarjan muista näytteistä. Jos syntyypeistä designoidaan yksi lektotyypiksi, olisi ensin tutustuttava kaikkien syntyyppien tietoihin. Designoinnin jälkeen kaikkien syntyyppien status muuttuu. Myös kaikkiin paratyyppeihin ja paralektotyyppeihin tulisi tutustua neotyyppiä valittaessa (Mayr & Ashlock 1991, ICZN 1999).

Tästä syystä kannattaa säilyttää tieto siitä, mitkä näytteet kuuluvat samaan tyyppisarjaan. Käytännössä tämä voidaan toteuttaa antamalla jokaiselle tyyppisarjalle yksilöllinen tunniste (id), ja merkitsemällä jokaiseen näytteeseen mihin tyyppisarjaan se kuuluu.

Tyyppisarjan näytteet voivat sijaita eri paikoissa. Erityisesti paratyyppejä on jaettu säilytettäviksi eri kokoelmiin (keskustelu 5.3.2007, Jyrki Muona). Tästä syystä olisi hyödyllistä että tyyppisarjan kaikki näytteet olisi digitoitu. Muuten yhteenkin lajiin tutustuminen voisi vaatia näytteiden lainaamista useasta paikasta.

Näytteisiin liittyvien artikkelien tiedot

Lajinimeen liittyy aina auktoritieto, joka kertoo lajinkuvauksen tehneen henkilön (tai useamman) nimen (Mayr & Ashlock 1991, ICZN 1999, Winston 1999). Lisäksi nimen yhteydessä voi olla vuosiluku, joka kertoo kuvauksen julkaisuvuoden (Winston 1999). Tyyppinäytteillä nämä tiedot ovat oleellisia, koska ne toimivat viitteenä alkuperäiseen lajinkuvaukseen. Niiden avulla voidaan myös useimmiten erottaa tapaukset, joissa samaa nimeä on käytetty usean eri lajin nimenä.

Taksoniin ja näytteisiin liittyvä kirjallisuus on näytteiden ohella oleellista taksonomisessa tutkimuksessa, mutta sen paikallistaminen on usein hankalaa, koska se on hajallaan 250 vuoden aikana julkaistuissa painotuotteissa (Mayr & Ashlock 1991, Scoble 2004; esimerkkinä kirjallisuudesta Mannerheim 1852). Siksi olisi käytännön tutkimustyön kannalta hyödyllistä liittää digitoidun tyyppinäytteen yhteyteen mahdollisimman täydellinen viite lajinkuvausartikkeliin.

Tarvittaessa voidaan viitata myös muihin tärkeisiin artikkeleihin, kuten lekto- tai neotyypin designaatioartikkeliin. Selkeyden vuoksi kirjallisuusviitteissä kannattaa käyttää yhtenäistä muotoa, esimerkiksi Annales Zoologici Fennicin viittaustapaa (AZF julkaisuaika tuntematon).

Jos lajinkuvausartikkeli on julkaistu myös verkossa, kannattaa siihenkin viitata (DOI-tunnisteella tai URL-osoitteella). Erilaisia biologisen kirjallisuuden digitointiprojekteja on käynnissä useita. Esimerkiksi helmikuussa 2008 julkistettu Plazi.org -projekti pyrkii digitoimaan ja julkaisemaan verkossa kaikki lajinkuvausartikkelit (sähköposti 26.2.2008, Donat Agosti, American Museum of Natural History and Smithsonian Institution). Biodiversity Heritage Library -projekti digitoi biodiversiteettiin liittyvää kirjallisuutta laajemmin (BHL julkaisuaika tuntematon).

Eläinmuseon selkärangattomien eläinten tyyppikortistossa on tallennettu lisäksi tieto siitä, onko lajinkuvausartikkeli tallessa museolla (keskustelu 27.3.2008, Ritva Talman).

Samalla kun tyyppinäytteiden tietoja varmennetaan kirjallisuudesta, tarjoutuu tilaisuus myös näiden digitointiin (digitaalikameralla tai skannaamalla). Digitoidusta kirjallisuudesta voi olla hyötyä muillekin, erityisesti jos se on vaikeasti saatavilla tai sisältää erityisen arvokkaita tietoja, joten sen digitoimista ja julkaisemista näytteen ohessa kannattaa ainakin harkita.

Yksinkertaisimmillaan digitoidun kirjallisuuden voi julkaista liittämällä kuvat näytteestä otettujen kuvien oheen. Tekijänoikeuskysymykset on otettava huomioon. Tarpeeksi vanhan aineiston julkaisua tekijänoikeudet eivät enää rajoita. Jotta julkaisun käyttö ja löydettävyys olisi helpompaa, voidaan sen yhteyteen lisäksi tallentaa metatietoja (kuten tavanomaiset viitetiedot).

Monikäyttöisempi mutta työläämpi tapa digitoida julkaisu on muuntaa se tekstimuotoiseksi kuvanlukuohjelmalla. Tällöin koko tekstisisältöön voidaan kohdistaa automaattisia hakuja. Tekstiä voidaan myös muuttaa muotoon, jossa sen osien merkityksiä voidaan erotella (esim. mikä osa tekstistä tarkoittaa uutta lajinimeä, näytteen löytöpaikkaa tai tuntomerkkejä). Tällöin hakumahdollisuudet monipuolistuvat. Tähän tarkoitukseen on kehitetty XML-pohjainen Taxonx -skeema, jota käytetään Plazi.org -verkkopalvelussa (Plazi 2008).

Tekstin merkityksiä voidaan analysoida tietokoneen avulla, mikä voi nopeuttaa erityisesti suuren tekstiaineiston käsittelyä. Hirschman ym. (2005) esittelevät miten nykytekniikalla voidaan automaattisesti poimia tutkimusartikkeleista geenien nimiä ja niihin liittyviä tutkimustuloksia. Nimien poiminta toimi hyvin, mutta tutkimustuloksien poiminnassa on vielä paljon kehitettävää. Periaatteessa samat menetelmät soveltunevat myös lajinkuvaustekstien käsittelyyn, koska myös lajinimien merkitykset ja niiden esitystapa noudattavat vakiintuneita käytäntöjä. Curry ja Connor (2007) käsittelevät asiaa laajemmin.