Copy of Handling taxonomy/Taksonomian käsittely (Copy)

Taksonomian hallinta on pääosin ulkoistettu erilliseen Lajitietokeskuksen taksonitietokantaan. Se huolehtii nimilistoista, taksonomisesta hierarkiasta, synonyymeistä yms. Kotkaan voidaan tallentaa tietoja näytteen määrityksestä ja tyyppitiedoista seuraavilla tavoilla:

Määritys

Määritys kirjataan valitsemalla sen Taksonominen taso (Taxon rank), sekä kirjaamalla koko nimi (lahko, heimo suku tai suku+laji) kenttään Taksonin nimi (Taxon name). Auktori (Taxon author) -kenttään kirjataan nimi ja vuosiluku, tarvittaessa suluissa. Lajia alemmat taksonit kirjataan omaan omiin vastaaviin kenttiinsä.

Määrityspäivämäärä (Det date) voi olla tarkka päivämäärä tai pelkkä vuosiluku.

Lisäksi kenttään Taksoni sanatarkasti (Taxon verbatim) voidaan kirjata alkuperäisestä lähteestä (etiketti tai tietokanta) peräisin oleva nimi kaikkine kirjoitusvirheineen, lisätietoineen ja epämääräisen merkintöineen. Tähän kenttään voidaan myös kirjata tulkintoja [hakasulkuihin] merkittynä.

Määrityksiä voi olla nolla ... useita kappaleita. Määrityksillä on järjestys, joka vaikuttaa siihen mikä niistä on "suositeltu". Suositeltu taksoninimi tulostetaan etiketille ja näytetään oletuksena näytteen nimenä.

Suositeltu määritys on se

1) Joka on merkitty suositelluksi  Suositeltu määritys (Preferred identification) -kentässä.

Mutta jos mikään ei ole merkitty suositelluksi, suositeltu määritys on se

2) Jonka määrityspäivämäärä tai -vuosi (Det date) on tuorein.
3) Jos määrityspäivämäärä on jossain määrityksessä tyhjä, ohittaa mikä tahansa päivämäärä tyhjän tuoreudessa (esim. vuosi 1700 on tuoreempi kuin tyhjä).
4) Jos millään määrityksellä ei ole päivämäärää, lomakkeella ylin ja Exelissä pieninumeroisin määritys on suositeltu (oletuksena vasemmanpuoleisin, jos et ole järjestellyt sarakkeita eri järjestykseen)

Hakulomakkeella haku voidaan rajata vain kunkin lajin suositeltuun määritykseen (ks. tästä yllä) klikkaamalla ruksi kohtaan "Only accepted".

Jos näyte on määritetty tai kirjattu etiketille epämääräisellä tai epävirallisella (ei-Linneläisellä tms.) nimellä, voidaan tämäkin kirjata Taksonin nimi -kenttään. Tällöin Kotka ei kuitenkaan osaa hakea nimelle ylempää taksonomista hierarkiaa, ellei tätä nimeä ole kirjattu taksonitietokantaan. Kytkentä voidaan tehdä epävirallisella synonyyminä, ks. tästä lisää alla.

Toinen vaihtoehto on kirjata vain tarkin määritetty taksonominen taso (esim. suku) nimikenttään ja loput määrityksen lisätietoihin ja/tai verbatim-kenttään, mutta tämä vaikuttaa näytteiden haettavuuteen ja etiketteihin. Tapauskohtaisesti voidaan päättää kumpi tapa on kannattavampi.

Tyyppitiedot

Tyyppinäytteen nimi kirjataan Tyypin nimi ja Tyypin auktori (Type name & Type author) -kenttiin. [Alalajikentät ovat poistumassa, niitä ei kannata käyttää.]

Tyyppinäytteen tyyppi (Type status) tarkoittaa onko näyte esim. holotyyppi, syntyyppi tms. Tässä voi valita "No", jos haluaa erikseen painottaa että näyte ei ole tyyppi.

Tyypin varmistus (Verification) -kentässä voidaan ilmaista onko tarkistettu kirjallisuuden perusteella että näyte todella on tyyppi, vai luotetaanko esim. pelkästään etiketteihin.

Kytkentä taksonitietokantaan (tilanne 12/2015)

Tätä kirjoitettaessa Kotka on kytketty taksonitietokantaan seuraavilla tavoilla:

Kun WWW-tallennuslomakkeelle alkaa kirjoittamaan taksonin nimeä, ehdottaa se täsmääviä taksonien nimiä pudotusvalikkona (kuva). Nimet haetaan taksonitietokannan master-lajilistasta. Kun jokin näistä valitaan, täytetään taksoni, taksonominen taso ja auktori automaattisesti. Excel-tallennuspohjaan nämä täytyy kirjata käsin.

Jos taksonin nimen, tason ja auktorin kirjoittaa kokonaan itse, lomake tarkistaa löytyykö löytyykö vastaava yhdistelmä master-lajilistasta, ja varoittaa jos ei sellaista löydy (kuva). Käyttäjä saa kuitenkin tallentaa myös nimiä, joita ei löydy.

Jo nimi löytyy master-lajilistasta, hakee Kotka näytteen tietojen yhteyteen taksonin hyväksytyn nimen sekä ylemmän taksonomisen hierarkian (heimo, lahko... biotaan asti). 

Hyväksytty nimi näytetään se näytteen view-sivulla. Hyväksytty nimi voidaan myös tulostaa etiketille, mikäli etiketin tietoihin näin määritellään.

Näytteitä voidaan hakea hyväksytyn nimen ja ylemmän taksonomisen hierarkian avulla käyttäen taxa-kenttää Kotkan hakulomakkeella. Näytteitä voi hakea myös niiden taksonomiseen tietokantaan määritellyn uhanalaisuusluokan avulla.

Jos näyte on määritetty nimellä, jota ei löydy master-lajilistasta, löytyy se hakulomakkeella vain hakemalla tällä täsmällisellä nimellä.

Kun taksonitietokantaan lisätään uusia nimistöjä, päivittyvät niiden tiedot Kotkan hakutietokantaan seuraavana yönä.

Esimerkki

Näyte http://id.luomus.fi/KA.L0092 on määritetty ja kirjattu Kotkaan nimellä Tetrao tetrix. Taksonitietokannassa tämä on määritelty synonyymiksi lajille Lyrurus tetrix. Tällöin näytteen view-sivulla näytetään molemmat nimet: Tetrao tetrix alkuperäisenä ja Lyrurus tetrix hyväksyttynä.

Näytteen yhteyteen haetaan taxa-kenttään taksonihierarkia "Lyrurus tetrix; Lyrurus; Tetraonini; Phasianinae; Phasianidae; Galliformes; Galloanserae; Neognathae; Aves; Vertebrata; Chordata; Animalia; Eucarya; Biota". Tällöin näytteen löytää esimerkiksi haulla "Phasianidae" tai "Aves".

Toivottuja ominaisuuksia

Tallennus taksonikonseptilla

Tavoite: Tiedetään missä merkityksessä monimerkityksistä nimeä käytetään. Esim. Larus argentatus.

Voitaisiin käyttää taksoninimen (taxon name -kenttä; vapaateksti) ja viitteen (sec-kenttä) yhdistelmää. Tällöin julkaisuviite pitäisi tallentaa taksonitietokantaan, ja muuttaa sec-kenttä taksonitietokantaan pohjautuvaksi pudostuvalikoksi, johon valitaan julkaisun ID. Tämä voisi olla parempi, koska olisi selkeämpi (myös harrastajille), toimisi paremmin offline ja on ollut toimiva Kastikassa.

TAI:

Käyttäjä voisi kertoa TaxonID-kentän avulla että näyte on määritetty esim. Retkeilykasvion 2. painoksen mukaiseksi Esimerkki nimi -lajiksi, jonka rajaus on eroaa splittauksen tai lumppauksen takia Retkeilykasvion 3. painoksen vastaavan lajinimen rajauksesta.

Kysymyksiä: Miten taksoni poimitaan www-lomakkeella; mitä tietoja tallentajan pitää poimittavasta taksonista nähdä? Miten taksoni poimitaan Excelillä tallennettaessa? Onko taksonin MX-koodin käyttäminen liian hankalaa?

Epävirallisten eli piilotettujen synonyymien merkintä

Lisätään taksonitietokantaan predikaatti, jolla taksoneille voidaan merkitä epävirallisia synonyymejä tai alempia taksoneita. Nämä toimivat kuten tavallisetkin synonyymit ja alemmat taksonit (hyväksytyn nimen haku, taksonihierarkian haku) paitsi että epävirallisia ei näytetä laji.fi:ssa lajiluetteloiden yhteydessä. 

Pyritään viemään taksonitietokantaan mahdollisimman paljon kokoelmien käytössä olevia nimistöjä, jotta kokoelmissa käytettyjä lajinimiä voitaisiin hakea myös ylemmän hierarkian avulla. 

Tällöin esim. tuntematon lajinimi voidaan liittää minkä tahansa saman tai ylemmän tason nimen epäviralliseksi synonyymiksi. Esim. voidaan ilmaista että "Alpha beta" kuuluu epävirallisena lajina taksoniin "Mollusca".

Esimerkkejä epävirallisista synonymeistä, joita voidaan käyttää kokoelma- ja kansalaishavaintodatan tulkinnassa: