Epidemiologian tilastolliset tutkimusmenetelmät, syksy 2009

Uutiset

Toinen kurssikoe on torstaina 17.12. klo 10-13 (sali B119).

http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/luento17.pdf Tiistain luento.

Viime perjantain R-harjoitustehtävien linkit toimivat nyt (ks. alla)!

Toinen kurssikoe on torstaina 17.12. klo 10-13 (sali B119). Kurssikokeen alue: luennot 10 (tapaus-verrokki -asetelmasta lähtien), sekä 11 - 16.
 Harjoitukset 5-6. Kirjan luvut 15.1-15.3, 16, 17, 18, 19, 21, 22, 23, 24.

Tiistaina 15.12. on vielä yksi luento (klo 10-12).

http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/regressionmodels.pdfHarjoitus: regresssiomalllit. Huom! korjaukset: 1-tehtävässä datatiedoston nimi on "CHD.dat". Lisäksi glm-funktion kutsussa pitää kirjoittaa as.factor(Age).

http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/casecontrol.pdf Harjoitus: tapaus-verrokki -tutkimukset
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/interaction.pdf Harjoitus: yhdysvaikutukset

Torstaina 10.12. pidetään luento ja tietokoneluokkaharjoitus (klo 10-14). Niissä
 tarkastellaan seuraavia aineistoja:
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/datasets/CHD.dat CHD.dat
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/datasets/BCG.dat BCG.dat
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/datasets/BCGcasecontrol.dat BCGcasecontrol.dat
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/datasets/BCGmatched.dat BCGmatched.dat
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/datasets/doseresponse.dat doseresponse.dat

http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/luento16.pdf Luento tiistaina 8.12. klo 10-12.

Luennoitsija

Kari Auranen

Laajuus

10 op.

Tyyppi

Syventävä opinto.

Luentotiivistelmät

1. Binäärimuuttuja. Ehdollinen todennäköisyys. Bayesin kaava. (Kirjan luvut 1 ja 2)
2. Uskottavuuspäättely (Kirjan luku 3)
3. Elinaikataulut. Kaplan-Meier estimaatti (Kirjan luku 4)
4. Elinaika-analyysin perusteita. Vaarafunktio (Kirjan luku 5)
5. Useita aikamuuttujia. Sensurointi. Kilpailevat riskit (Kirjan luvut 6 ja 7)
6. Uskottavuusfunktion approksimointi (Kirjan luvut 8 ja 9)
7. Tilastollinen merkitsevyys.P-arvot (Kirjan luku 11)
8. Suhteellinen ilmaantuvuus (Kirjan luku 13)
9. Sekoittavat tekijät. Epäsuora vakiointi (Kirjan luku 14)
10. Osittaminen. Suhteellisen hasardin malli Mantel-Haenszel -estimaatti. Tapaus-verrokki -asetelma. (Kirjan luvut 15 ja 16)
11. Tapaus-verrokki -asetelma jatkuu. Osittaminen. (Kirjan luvut 17 ja 18)
12. Tapaus-verrokki -asetelma jatkuu. Kaltaistaminen (Kirjan luvut 18 ja 19)
13. Otoskoon määrääminen (Kirjan luku 21) Torstai 29.10.
14. Regressiomallit (Kirjan luvut 22 ja 23) Tiistai 10.11.
15. Regressiomallit, jatkoa (Kirjan luku 24) Perjantai 27.11. (klo 10-12)
16. Ehdollistettu logistinen regressio. Cox'in suhteellisen hasardin malli. (Kirjan luvut 29 ja 30) Tiistai 8.12 (klo 10-12)
17. Lisää yhdysvaikutuksista

http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/harjoitus1.pdf Harjoitus 1
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/vastaukset1.pdf Vastauksia 1
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/harjoitus2.pdf Harjoitus 2
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/atresia.dat atresia.dat
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/vastaukset2.pdf Vastauksia 2
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/harjoitukset3.pdf Harjoitus 3
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/vastaukset3.pdf Vastauksia 3
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/harjoitukset4.pdf Harjoitus 4
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/vastaukset4.pdf Vastauksia 4
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/harjoitukset5.pdf Harjoitus 5
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/vastaukset5.pdf Vastauksia 5
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/harjoitus6.pdf Harjoitus 6
http://www.rni.helsinki.fi/~kja/epid09/vastaukset6.pdf Vastauksia 6

Kurssikuvaus

Kurssilla tutustutaan tautien yleisyyteen ja terveyteen liittyvien altistevaikutusten arvioimisessa käytettyihin tilastollisiin menetelmiin. Perusaineksena ovat erilaiset todennäköisyysmallit ja niiden käyttö epidemiologian ongelmissa. Kurssilla käsitellään mm. kohortti- ja tapaus-verrokki -tutkimusten suunnittelua ja tilastollista analyysia.

Kurssi kuuluu tilastotieteen koulutusohjelman biometrian pääaineen lääketieteellisen tilastotieteen erikoistumislinjan opintoihin, Kurssiin kuuluvat viikottaiset luennot (4h) ja harjoitukset (2h). Osa harjoituksista on tietokoneharjoituksia.

Esitietovaatimukset

Kurssin esitietoina ovat hyödyksi tilastollisen päättelyn perusteiden tuntemus (esim. Tilastollisen päättelyn kurssi). Oppimateriaalina käytettävä kirja soveltuu silti hyvin myös sovellusalojen edustajille (sivuaineopiskelijat). Hyödyksi on myös jonkinlainen ohjemointitottumus; kurssilla käytetään R-ohjelmistoa.

Luentoajat

Luentoja on 4 tuntia viikossa, tiistaisin 10-12 (sali B120) ja torstaisin (sali B120). Lisäksi kurssiin kuuluvat harjoitukset torstaisin 12-14 (tietokoneluokka C128).

Luentoja ja harjoituksia ei ole viikoilla 43, 45, 47 ja 48.
 Yhteensä kurssilla on 20 luentokertaa (a 2 tuntia) ja 10
 harjoitusta (a 2 tuntia).

Kurssi alkaa tiistaina 8.9. klo 10 (sali B120).

Kokeet

Kurssi suoritetaan kurssikokeilla. Laskuharjoitusten riittävällä suorittamisella saa lisäpisteitä. Tarvittaessa voidaan sopia 5 op:n laajuinen kokonaisuus, johon kuuluu yksi tentti. Tämä vaihtoehto on tarkoitettu sivuaineopiskelijoille.

1. kurssikoe on torstaina 22.10. klo 10-13. Koealue: kirjan luvut 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 8, 9, 10.1, 11, 13 ja 14.1-14.3. Luennot 1-10 (paitsi tapaus-verrokki -asetelma). Harjoitukset 1-4.

2. kurssikoe on torstaina 17.12. klo 10-13

1. kurssikokeen alue

Kirjan luvut 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 8, 9, 10.1, 11, 13 ja 14.1-14.3. Luennot
 1-10. Harjoitukset 1-4.

Kirjallisuus

Kurssi seuraa kirjaa Clayton and Hills: Statistical Models in Epidemiology, Oxford University Press, 2002. Lisäksi kurssin kotisivulle (eli tänne) ilmestuvät luentotiivistelmät, joista voi seurata kurssin edistymistä.

Ilmoittaudu

Unohditko ilmoittautua? Mitä tehdä.