Näytehaku

Englanninkielinen sivu: Specimen search

Kotkan näytehakutoiminto on huomattavan monipuolinen, mutta sen käyttö voi aluksi olla hankalaa. Hakutoiminnosta on olemassa myös yksinkertaistettu versio. Tässä kerrotaan miten näitä voi käyttää. Hakusivu on osoitteessa https://kotka.luomus.fi/specimens/search (Kotkan valikosta Specimens > Search).

Tämä ohje koskee hakuomaketta sellaisena kuin se oli 10/2021

Yksinkertainen haku

Yksinkertaiseen hakulomakkeeseen pääsee Query builder -napista (merkitty vihreällä alempana olevaan kuvaan). Sillä voi hakea näytteitä muutamien kenttien perusteella kirjoittamalla kunkin hakuehdon omaan kenttäänsä. Kun lomakekenttiin alkaa kirjoittamaan, osaa Kotka tarjota Kotkaan tallennettuja vaihtoehtoja.

Haku on AND-haku, eli kaikki hakuehdot sopivat kaikkiin tuloksena tuleviin näytteisiin.

Monipuolinen haku

Monipuolisella haulla pystyy mm.

• Tekemään täsmällisiä ja sanahakuja kaikkiin näytekenttiin
• Määrittelemään AND, OR ja NOT -hakuehtoja
• Tekemään yhdistelmä-, samankaltaisuus-, osittais- ja muita monipuoisia hakuja
• Tilastoimaan näytteitä kaikkien näytekenttien mukaan
• Järjestämään näytteitä kaikkien näytekenttien mukaan
• Ottamaan hakutulokset ulos erilaisissa Excel-muodoissa sekä generoimaan erilaisia etikettejä

Lomakkeella on kaksi kenttää, joihin voi kirjoittaa hakuehtoja. Hakuehtojen kirjoittamisen jälkeen klikkaa Search-nappia (kuvassa violetilla). Clear all -nappi tyhjentää kaikki hakuehdot.

Tunnistehaku

Ylempään identifier-kenttään voi kirjoittaa näytteen tunnisteita tai tunnistevälejä lyhyessä muodossa (kenttä näyttää ohjeet tunnisteiden oikealle formaatille).Haun asetuksissa (hammasratasikoni punaisen ympyrän sisällä kuvassa) on yksi asetus, joka vaikuttaa tunnistehakuun: Identifier as range -checkbox. Jos asetus on valittuna, Kotka pyrkii tulkitsemaan annetun tunnisteen tunnisteväliksi. Jos on tarve hakea esim. yhdellä tunnisteella joka sisältää väliviivan ( - ), eikä sitä haluta tulkittavan numeroväliksi, otetaan asetus pois päältä.

Haettaessa tunnistevälillä sellaisilla tunnisteilla, jotka sisältävät ei-numeerisia merkkejä (kirjaimia ym.), jätetään kaikki ei-numeeriset merkit pois tunnisteesta. Esim., jos halutaan etsiä tunnisteiden "JA.H12-13" ja "JA.HA12-17" väliltä, kirjoitetaan haku näin: "JA1213-1217" ja pidetään identifier as range -asetus päällä.

Kaikkien kenttien haku

Alempaan search terms -kenttään voi kirjoittaa kaikkiin kenttiin kohdistuvia hakuja.

Oletuksena Kotka hakee näytteet, joissa jokin hakusanoista esiintyy missä tahansa kentässä. Jos haluat hakea fraasilla, kääri sanat lainausmerkkeihin.

• Cap Verde (linkki) - Cap tai Verde: 4731 hakutulosta
• "Cap Verde" (linkki) - Täsmällinen hakutermi: 110 hakutulosta
• sahlberg (linkki) - palauttaa näytteet joissa esiintyy "sahlberg" esim. kerääjänä, määrittäjänä tai lajinimessä

Jos haluat kohdistaa haun tiettyyn kenttään, ala kirjoittamaan kentän "tietokantanimeä". Kotka tarjoaa oikeita kenttänimiä automaattisesti. Sitten kirjoita hakusana kaksoispisteen jälkeen lainausmerkkeihin, jotka Kotkan myös lisää automaattisesti.

• det: "sahlberg" (linkki) - palauttaa näytteet, joissa on määrittäjänä Sahlberg

Kotka osaa myös tarjota hakusanoja sen mukaan mitä Kotkaan on tähän näytekenttään tallennettu. Esim. kun kohdistaa haun Det-kenttään ja kirjoittaa sahlberg (lainausmerkkien sisälle), tarjoaa Kotka vaihtoehdoiksi mm. Sahlberg, J., Sahlberg, U. ja Sahlberg.

Jos haluat hakea näytteet, jotka täsmäävät useaan hakuehtoon, klikkaa AND-nappia (kuvassa vaaleanpunaisella) kirjoitettuasi yhden hakuehdon. Sitten ryhdy kirjoittamaan uutta hakuehtoa samaan tapaan. Tällöin Kotka palauttaa ne näytteet, jotka täsmäävät kaikkiin ehtoihin. Voit myös kirjoittaa itse AND-sanan hakuehtojen väliin.

• municipality: "Espoo" AND leg: "Heikkinen, Mikko" (linkki) - näytteet Espoosta, ja kerääjänä Heikkinen, Mikko

Jos haluat hakea näytteet, jotka täsmäävät mihin tahansa hakuehtoon, kirjoita OR-sana hakuehtojen väliin.

• municipality: "Espoo" OR leg: "Heikkinen, Mikko" (linkki) - näytteet Espoosta tai Heikkinen, Mikon keräämiä

Jos haluat hakea näytteet, jotka eivät täsmää annettuun ehtoon, kirjoita sen eteen NOT-sana,

• NOT municipality: "Helsinki" (linkki) - näytteet kaikkialta muualta paitsi Helsingistä

Ohjeen lopussa kerrotaan, miten lomakkeella voi tehdä monipuolisempia hakuja

Alanäytteet ja seuralaiset

Koska Kotkassa näytteeseen voi kuulua useita osanäytteitä tai seuralaishavaintoja, tulevat nämäkin näkyville hakutuloksiin. Esimerkiksi näyte, jossa on kaksi lajia omina osanäytteinään sekä kolme seuralaishavaintoa, näkyy tuloksissa viitenä rivinä (ja vaikuttaa tulosten määrään vastaavasti). Näitä voi suodattaa pois seuraavasti:

Jos haluat nähdä vain näytteet (eikä havaintoja), lisää hakuehdoksi recordBasis: "Preserved Specimen"

Jos et halua että osanäytteet vaikuttavat tulosten määrään, lisää hakuehdoksi firstInDocument: "true"

Huomaa, että myös määritykset (identification) näytetään omina riveinään tuloksissa, paitsi jos "Only accepted" on ruksattuna vasemman laidan suodattimista.

Aputoiminnot

Oikean ylänurkan napeista (kuvassa punaisella) voi käyttää aputoimintoja:

Linkki-ikoni kopioi leikepöydälle käytössä olevat hakuehdot ja haun asetukset linkkinä. Tämän linkin voi tallettaa itselleen/tiimilleen muistiin tai vaikka välittää kollegalle. Huomaa että linkissä voi olla välilyöntejä; linkin katkeaminen näiden kohdalta esim. sähköpostiohjelmassa muuttaa sen toimimattomaksi.

Kysymysmerkistä pääsee lyhyeeseen hakutoiminnon esittelyyn.

Hammasratas-ikonista pääsee käsiksi asetuksiin. Asetuksista voi säätää seuraavia asioita:

• Filter options: mitkä kentät tulevat näkyville hakusivun vasemman reunan tilastoihin (aakkosjärjestys). Kun alat kirjoittaa kentän nimeä, Kotka ehdottaa tarjolla olevia filttereitä.
• Filter size: kuinka monta vaihtoehtoa tilastoihin tulee näkyville (esim. 10 yleisintä)
• Result options: mitkä kentät tulevat näkyville hakutulostaulukkoon (sarakkeet näytetään tulostaulukossa aakkosjärjestyksessä, lukuunottamatta identifier-saraketta, joka on aina ensimmäisenä). Kun alat kirjoittaa kentän nimeä, Kotka ehdottaa tarjolla olevia sarakkeita.
• Identifier as range: Kts. yllä tunnistehaku

Selain muistaa nämä asetukset, joten omia suosikkiasetuksia ei tarvitse säätää joka kerta uudelleen samaa selainta käytettäessä. Nämä asetukset sisältyvät myös hakulinkkiin, joten jos esim. kollega lähettää hakulinkin, linkistä avautuu samat asetukset kuin kollegalla oli käytössä.

Hakutulostaulukon sarakeotsikkoja klikkaamalla tuloksia voi järjestellä.

Specimens I've edited or created today -linkkiä klikkaamalla saat nopeasti haettua äsken tallentamasi näytteet. Voit myös käyttää linkin hakua toisen haun pohjana ja muuttaa esimerkiksi päivämäärärajausta hakulaatikkoon.

Hakutulokset

Hakutulostaulukossa jokainen "alanäyte" näkyy omana rivinään. Jos näytteeseen kuuluu yksi varsinainen näyte ja viisi seuralaislajihavaintoa, ne kaikki näkyvät omina riveinään, mikäli ne kaikki täsmäävät hakuehtoihin.

 Jos hakutuloksia on kohtuullinen määrä (tällä hetkellä 10 000 kpl), ilmestyy lomakkeelle sinisiä nappeja, joiden kautta tulokset saa ulos eri muodoissa:

Export to Excel tekee tuloksista Excel-taulukon. Tässä on valittavana useita muotoja:

• In Kotka format: Kotkan tallennusformaatissa. Näytetietoja voi muokata tässä taulukossa ja viedä ne sitten takaisin sisään (ellei kukaan muu ole muokannut näytteitä sillä aikaa Kotkassa.)
• Simply export the results: Excel-taulukkoon tulevat ne kentät, jotka olet valinnut näkymään tulostaulukossa. Kätevä esim. raportteihin.
• Hertta format: Hertta-järjestelmän käyttämässä muodossa. Kätevä, jos tietoja kopioidaan Herttaan (kunnes tämä automatisoidaan Lajitietokeskuksen kautta).

Lisätietoa Excel-exporteista ja massaeditoinneista: Excel exports and mass editing

Print labels: tulostaa näytetiedot valitunlaisille etiketeille. Etiketit tulostuvat ainoastaan näytteistä, ei seuralaishavainnoista. Etikettitiedoston maksimimäärä on 500 etikettiä, eli haku täytyy rajata max 500 näytteeseen voidakseen tulostaa etikettejä. Lisää tietoa etiketeistä ja LabelDesigner -työkalusta: Labels

Filters (suodattimet)

Hakusivun vasemmassa reunassa on lisää valintoja hakutulosten suodattamiseksi (keltaisella ylläolevassa kuvassa)

• Only accepted: kohdistaa taksonihaut vain niihin määrityksiin, jotka on merkitty hyväksytyiksi, ja näyttää tuloslistassa vain hyväksytyt määritykset. Vaikuttaa siis vain näytteisiin joilla on useita määrityksiä. Jos tätä ei ruksata päälle ja jos näytteillä on useita määrityksiä, näkyy kaikki hakuehtoihin täsmäävät määritykset omilla riveillään hakutuloksissa
• Only with picture: hakee vain näytteet, joihin on liitetty kuva
• Only type specimens: hakee vain näytteet, jotka on merkitty tyyppinäytteiksi
• By location: maapallonappia klikkaamalla pääsee tekemään haun kartalla (piste + säde). Haku kohdistuu niihin näytteisiin, joilla on koordinaatit Kotkan ymmärtämässä muodossa.

Filter facets

Joitain tilastoja hakutuloksista näytetään vasemman palstan alaosassa. Näytettävät kentät voi valita hammasratas-ikonin kautta (kts. ylempänä).

Kentistä näytetään yleisimmät niihin kirjatut sisällöt. Kutakin riviä klikkaamalla hakutuloksia voi rajata näiden mukaan. Rajauksen voi poistaa punaisesta ruksista suodattimen perästä. Tämän logiikka selviää parhaiten kokeilemalla!

Tilastot myös näyttävät, kuinka monta uniikkia arvoa kussakin kentässä esiintyy hakutuloksissa (luku kenttäotsikon perässä). Täsmällinen luku näytetään 10 000 uniikkin arvoon asti ja sen jälkeen luku on estimaatti.

Monipuolisia hakuehtoja

AND-, OR- ja NOT-hakuja voi myös yhdistellä määrittelemällä sulkujen avulla mitkä niistä liittyvät toisiinsa. Tällaiset haut pitää kirjoittaa itse, sillä Kotka ei osaa täydentää sulkuja.

• leg: "Heikkinen, Mikko" AND (municipality: "Espoo" OR municipality: "Asikkala") (linkki) - 165 tulosta: hakee Mikko Heikkisen keräämät näytteet Espoosta ja Asikkalasta
• (leg: "Heikkinen, Mikko" AND municipality: "Espoo") OR municipality: "Asikkala" (linkki) - 4264 tulosta: hakee Mikko Heikkisen keräämät näytteet Espoosta sekä kaikkien keräämät näytteet Asikkalasta
• country: "Finland" AND NOT (municipality: "Helsinki" OR municipality: "Espoo") (linkki) - näytteet Suomesta, paitsi Helsingistä ja Espoosta

Sanan voi merkitä pakolliseksi myös plusmerkillä  ja kielletyksi miinusmerkillä

• +mountain +forest -meadow -dry (linkki) - näytteessä pitää olla sanat mountain ja forest mutta ei sanoja meadow tai dry.
• mountain AND forest NOT (meadow OR dry) (linkki) - tämä vastaa edellistä hakua

Samankaltaisia sanoja voi hakea jättämällä lainausmerkit pois hakusanan ympäriltä ja lisäämällä tilde-merkin (~) hakusanan perään.

• municipality: Helsinki~ (linkki) - palauttaa näytteet joissa kunnan nimessä on esim. sana Helsingin tai Helsinge (huomaa, että hakuehto ei ole lainausmerkeissä)
• municipality: Helsinki~ AND NOT municipality: "Helsinki" (linkki) - palauttaa näytteet joissa kunnan nimi on melkein, mutta ei täsmälleen Helsinki. Tällä voi esim. etsiä kirjoitusvirheitä.

Hakusanan voi katkaista asteriskilla * ja tuntemattoman kirjaimen voi korvata kysymysmerkillä ?, kunhan jättää lainausmerkit pois hakusanan ympäriltä.

• leg: ?ahlberg (linkki) - palauttaa näytteet, joissa kerääjänä esim. Sahlberg, Dahlberg tai Wahlberg.
• leg: Sahlb* (linkki) - palauttaa näytteet, joiden kerääjän nimi alkaa Sahlb 

Aksenttimerkkejä ei huomioida haussa, paitsi kirjaimissa å, ä ja ö.

• country: "Sao Tome" (linkki) - palauttaa myös näytteet, joissa maan nimessä on São Tomé.
• municipality: "Aanekoski" (linkki) - ei palauta näytteitä Äänekoskelta

Päivämääräkentistä voi tehdä aikavälihakuja. Näillä kentillä haettaessa Kotka avaa automaattisesti kalenterin, josta voi valita alku- ja loppupäivämäärän ja -kellonajan. Asteriskilla  voi jättää päivämäärän vapaaksi

• dateCreated: [2015-09-28T00:00:00 TO 2015-10-04T00:00:00] (linkki)
• dateBegin: [2015-01-01 TO *] (linkki) - näytteet jotka kerätty 1.1.2015 tai sen jälkeen

Voit myös hakea näytteitä, joista puuttuu tai joissa on tietty tieto mukana.

• NOT _exists_: "municipality" (linkki) näytteet, joihin ei ole kirjattu kunnan nimeä (huom. aiempi hakutermi _missing_: "" ei enää toimi!)
• _exists_: "municipality" (linkki) - näytteet, joihin on kirjattu kunnan nimi

Kuvien määrällä voi hakea ja tilastoida pictureCount-kentän avulla.

• pictureCount: [4 TO *] (linkki) - näytteet, joissa on kuvia neljä tai enemmän
• pictureCount: "3" (linkki) - näytteet, joissa on tasan kolme kuvaa

Määritysten määriä voi hakea ja tilastoida identificationCount -kentän avulla.

• identificationCount: "0" (link) - näytteet, joilta puuttuu kokonaan määritys (identifikaatioelementti)

• identificationCount: [3 TO 4] (link) - näytteet, joilla on 3 tai 4 määritystä

Hakukenttä unitCount toimii samoin kuin pictureCount ja identificationCount, ja sitä voi käyttää unitien etsimiseen ja tilastoimiseen.

Lisäksi haussa on hyödyllisiä apukenttiä esim. taksonomiaan liittyen, kuten hakukentät Taxa, Family, Synonyms ja EndangeredStatus. Kts lisätietoa: Taksonomian hallinta

Erikoismerkkejä voi hakea ns. raw-kentistä:

• taxon.raw: *\.* (linkki) - näytteet, joiden taksoninimessä on piste.
• taxon.raw: *\(* OR taxon.raw: *\)* OR taxon.raw: *\.* OR taxon.raw: *\?* OR taxon.raw: *\/* (linkki) - näytteet, joiden taksoninimessä on sulkumerkki, piste, kysymysmerkki tai kauttamerkki

Lisää ohjeita monipuolisempiin hakuihin löytyy Elastic-hakukoneen ohjeesta, kohdasta Query String syntax.