2. Kotka-kokoelmienhallintajärjestelmä

Last modified by Anniina Kuusijärvi on 2024/10/21 15:06

Kotkasta

Kotka on Suomen Lajitietokeskuksessa rakennettava näytekokoelmien hallintajärjestelmä kaikkien eliöryhmille näytteille, kudosnäytteille, fossiileille sekä kasvitieteellisten puutarhojen kokoelmille. Kotkaa on kehitetty "in-house" Luonnontieteellisessä keskusmuseossa Luomuksessa vuodesta 2011 alkaen, ja sen kehitys jatkuu edelleen osana Suomen Lajitietokeskuksen tietojärjestelmäkehitystä. Kotkan kehitys ja ylläpito on osa Luomusken kansallisia velvoitteita ja sen käyttö on maksutonta suomalaisille luonnontieteellisille kokoelmille.

Tavoitteet

Kotkan tavoitteena on:

  • Tehdä kokoelmanhallinnasta tehokkaampaa ja virtaviivaisempaa
  • Saada kokoelmat ja näyteaineistot saavutettavammiksi ja siten kasvattaa niiden tieteellistä ja muuta käyttöä
  • Parantaa kokoelmien ja näytedatan laatua

Työkaluja

Kotkassa on selainkäyttöisiä työkaluja:

  • Datan syöttöön, muokkaukseen ja katseluun koskien
    • kokoelmia - metatietoa luonnontieteellisistä kokoelmista
    • näytteitä - monipuolista dataa museonäytteistä
    • datasettejä - eräänlainen "tagi" jolla voi niputtaa näytteitä yhteen
    • preparaatteja - dataa DNA- ja kudosnäytteistä sekä selkärankaispreparaateista
    • puutarhojen eläviä kokoelmia - puutarhojen kasvikannat ja sijoitukset, hoitotoimet
    • organisaatioita - esim. yhteystietoja lainanhallintaan
    • materiaalitransaktioita - lainat, vaihdot ja lahjoitukset museoiden välillä ja puutarhojen siemenvaihto
    • ABS-tietoja - Nagoyan protokollan ja muiden tietojen saavutettavuutta ja jakoa koskevien säännösten noudattaminen
  • Näytetietojen tallennukseen Excel-taulukosta
  • Datan validointiin
  • näytteiden hakuun, tilastojen ja raporttien luontiin
  • puutarhasijoitusten ja preparaattien hakuun
  • datan eksportoimiseen Excel-tiedostoon
  • Etikettien suunnitteluun ja luomiseen: LabelDesigner
  • lainanhallintaan
  • datan jakamiseen Suomen Lajitietokeskuksen tietovarastoon, laji.fi

Periaatteita

  • Kotkassa on primaaridata. Kotkaan tallennettua dataa ei päivitetä muualla.
  • Kaikki Kotkan käyttäjät näkevät kaiken datan Kotkassa mutta voivat editoida vain oman organisaationsa dataa.
  • Kaikki Kotkaan tallennettu data säilytetään pysyvästi, ja vanhoihin versioihin datasta voidaan palata.
  • Kotkan datarakenne on joustava ja painottaa nopeaa kehitystä ja hyödyllisyyttä erilaisissa tilanteissa.
    • Dataformaatti perustuu hyvin löyhästi ABCD -standardiin, mutta käyttää monia omia tietokenttiä. Kentät on mapattavissa DarwinCore -standardiin melko helposti.
    • Datamallia laajennetaan tarpeen vaatiessa. Vain harva kenttä on pakollinen.
    • Datamalli on hierarkinen, ja sallii, että yksi dokumentti sisältää useita havaintoja, määrityksiä, preparaatteja ja tyyppinäytetietoja (esim. herbaarionäyte jossa on useita eri kasveja, joilla kaikille on useita määrityksiä)
    • Suurin osa datasta on denormalisoitua (esi. mikä tahansa lajinimi tai kerääjänimi voidaan tallentaa)
    • voidaan tallentaa sekä näytteitä että muunalisia havaintoja
  • Taksonomian hallinta, käyttäjähallinta ja jotkin validoinnit on ulkoistettu muihin Lajitietokeskuksen järjestelmiin ja palveluihihin
  • Suomen Lajitietokeskuksen aineistopolitiikan mukaisesti Kotkaan tallennettu data on avointa dataa, muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta (esim. sensitiiviset lajit)
  • Kaikki resurssit saavat uniikit HHTP URI -tunnisteet
  • Kaikkien Suomen luonnontieteellisten museoiden käytettävissä

Kehityksen periaatteita

  • Kehitetään ketterin ohjelmistokehityksen menetelmin. Uusia ominaisuuksia julkaistaan tarpeen vaatiesssa
  • Järjestelmää testataan ja se on integroitu staging -palevlimelle (kotkatest.luomus.fi)
  • Moderni selainpohjainen käyttöliittymä
  • joustava ei-relaatiotietokanta, jossa data on enimmäkseen denormalisoitua
  • Dataa haetaan, jaetaan ja julkaistaan hakutietokannan kautta (Elastic Search). Se sisältää sekundaarisen kopion datasta, joka on optimoitu hakuja varten
  • Olemassaolevien työkalujen hyödyntäminen: Lajitietokeskuksen järjestelmät, ontologiat, Excel-työkalut, avoimen lähdekoodin kirjastot jne.
  • Yksinkertaisuus ja joustavuus
  • Koodi julkaistaan MIT-lisenssillä avoimena lähdekoodina https://bitbucket.org/luomus/kotka/src/master/

Teknologia

  • Backend PHP ja Zend framework
  • Frontend Bootstarp, jQuery, ja useita muita avoimen lähdekoodin kirjastoja
  • Primaaridata tällä hetkellä ontologiatietokannassa, joka perustuu Oraclen relaatiotietokantaan. Siirtyminen tehokkaampaan Oracle JSON dokumenttitoetokantaan on suunnitteilla
  • Hakutoiminnot perustuvat ElasticSearchiin
  • Data julkaistaan Suomen Lajitietokeskuksen tietovaraston kautta (Vertica)
  • Koodi BitBucketissa: https://bitbucket.org/luomus/kotka
  • Perustana pääosin RESTful APIt

Esimerkkejä datasta

Käyttäjät

Kotkaa käytetään seuraavissa organisaatioissa (09/2021):

  • Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus, Helsingin yliopisto
  • Eläinmuseo ja kasvimuseo, Oulun yliopisto
  • Eläinmuseo ja kasvimuseo sekä kasvitieteellinen puutarha, Turun yliopisto
  • Kuopion luonnontieteellienn museo
  • Luontomuseo, Jyväskylän tiedemuseo, Jyväskylän yliopisto (+ kasvitieteellinen puutarha)
  • Kieppi, Kokkolan luonnontieteellinen museo
  • Luonnontieteelliset kokoelmat, Pohjanmaan museo 
  • Lapin maakuntamuseo
  • Luontotalo Arkki, Satakunnan museo, Porin kaupunki
  • Forssan luonnonhistoriallinen museo
  • HAMBI mikrobikokoelmat, Helsingin yliopisto
  • Tampereen luonnontieteellinen museo
  • Porvoon museo, luonnontieteelliset kokoelmat
  • Iisalmen luontomuseo

 

Yhteystiedot

Kotkan kehityksestä vastaavat Luomuksen Biodiversiteetti-informatiikan yksikön ICT- ja Lajitietotiimit

  • Anniina Kuusijärvi - product owner, kotka(ät)luomus.fi
  • Käyttäjätunnusasiat - kotka(ät)luomus.fi

Käyttöohje

Huomaa että Kotkan käyttöohjeet ovat pääosinosin englanniksi, ja osin tässä suomeksi.

Yhetystiedot ja viestintä

Kotkaa kehitetään luonnontieteellisessä keskusmuseossa Luomuksessa

Product Owner Anniina Kuusijärvi, kotka(at)luomus.fi

Kotkalla on Yammer ryhmä ja sähköpostilista, joihin voi liittyä saadakseen uusimmat tiedot Kotkan kehityksestä, huoltokatkoista ym. Ota yhteyttä kotka(at)luomus.fi, jos haluat liittyä Yammer-ryhmään tai sähköpostilistalle.

Osoitteet

Lisätietoa