StoBe notes

Last modified by thpylkka@helsinki_fi on 2024/02/07 06:22

1. Tyypillisiä asetuksia

econvergence 0.000001 (Stobe-default)

dconvergence 0.000001

maxcycles 200

dmixing mdens 0.20

2. Troubleshooting

Isompien klustereiden tapauksessa (esim. noin 40 vesimolekyyliä)

2.1. SCF-iteraatio ei konvergoidu asetetulla kriteerillä

2.1.1. Mahdollisia ratkaisuja:

a) dmixing mdens = 0.20 voi olla liian suuri. Testaa esim. 0.10.

- Tämä on usein auttanut. 0.05:llä iteraatio voi kestää liian kauan (MH).

b) maxcycles isommaksi, esim. 400

- Tämä on harvemmin auttanut (MH).

c) lievempi konvergenssikriteeri, esim. 0.00001 (10^-5)

- Kokonaisenergiassa tämä on ~0.3 meV, eli vielä hyvä tarkkuus.

d) GGA voi konvergoitua vaikeammin kuin LDA. Voidaanko laskut tehdä LDA:lla?

- Jäälaskuissa GGA:lla oli vaikeuksia suurien jääklusterien (~60 molekyyliä) kanssa. LDA- ja GGA-laskut antoivat kuitenkin samansuuntaisia tuloksia ~50 molekyylin kohdalla. (TP)

2.1.2. Stoben manuaalista, ei vielä kokemuksia :

e) SMEAr
"convergence can be improved by assigning fractional occupation numbers to orbitals of
levels close to Ef (korkein miehitetty energia)"

f) LEVElshift esh
- Otettava kuitenkin huomioon, että: "Level shifting may not be suitable in cases where
the virtual orbital space (eli miehittämättömät orbitaalit) is used"

g) MAXOverlap voi olla kokeilemisen arvoinen
"allows smoother convergence in some cases and also allows the
calculation of specific excited and hole states"

2.1.3. Linkkejä aiheesta:

- Kappale "What to try first" in this page.

2.2. Tilojen miehitykset väärässä järjestyksessä (miehittämättömiä tiloja miehitettyjen välissä)

SCF-iteraatio kuitenkin konvergoituu

Mahdollisia ratkaisuja:

Tuomas: Minun kokemuksen mukaan näitä on tullut vastaan vain silloin jos klusteiden geometriassa on ollut epäfysikaalisen lyhyitä etäisyyksiä (esim. LiCl-laskut huonoille MD-snapshoteille)

3. StoBen kääntäminen

Suuria klustereita varten StoBen oletusasetuksia joutuu muuttamaan hieman.

param.h -tiedostoon laitetaan esim. seuraavat asetukset, jotka määrittävät suurimmat atomi- ja kantafunktiomäärät:
      PARAMETER (NATOMS=200,NCONTS=2500,NUMORB=2,
      & NAUXFN=8600,NPRIMS=38000,NMAXPT=3000,NXDIIS=100,
      & NOUTCH=50000,NDATM=NATOMS,NEQM=24,NPSY=100,NISY=250,
      & NFOCK=NCONTS*(NCONTS+1)/2,
      & NFREE=3*NATOMS)

moldenp.f -tiedostoon muutetaan GMolden.mdf -tiedoston ulostuloformaattia seuraavasti (muutoin mdf-tiedostossa on nelinumeroisen orbitaalinumeron kohdalla ***):

3020 format(1x,i5,5x,a2,1x,a4,5x,5f10.5)

Tämä vaatii vastaavaa muutosta Arton stf -sarjan koodien readmdf.f90 -tiedostoon:

741 FORMAT(i7,16x,5f10.5)

Alla vielä Artolta saadut gfortran-määritelmät StoBen Makefile -tiedostoon:

# --------- From Arto Sakko ----------
  FTNL = gfortran -c -ffast-math -fforce-addr -fno-automatic
  FTPP = gfortran -c -ffast-math -fforce-addr -fno-automatic
  FORT = gfortran -c -ffast-math -fforce-addr -fno-automatic
  LOAD = gfortran -o
  LIBS = -L/usr/lib64 -lm /usr/lib64/libblas.a /usr/lib64/liblapack.a
  LIBSA = #/usr/lib64/libatlas.a
  LIBSM = /usr/lib64/libblas.a

# ------------

-Tuomas 13.10.2011