Child pages
  • A basic example of analysis
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Take a multichannel image:

Find the objects:

Visualize object segmentation:

Read data:

Cell#

OBJ mean

OBJ median

OBJ std

OBJ background

OBJ image_mean

area

roundness

eccentricity

nearestdist

skeleton_width

skeleton_length

pos_X

pos_Y

CH1 mean

CH1 median

CH1 std

CH1 sum

CH1 low

CH1 high

CH1 margination

CH1 background

CH1 image_mean

CH2 mean

CH2 median

CH2 std

CH2 sum

CH2 low

CH2 high

CH2 margination

CH2 background

CH2 image_mean

pearson

manders1

manders2

overlap

1

0.133553

0.092596

0.094163

0.021364

0.11023

786

0.728147

0.6078

131.260262

26

1

25.533079

322.259542

0.136366

0.13279

0.018243

107183971

0.108669

0.187057

1.0674

0.089741

0.146535

0.142044

0.136971

0.0269

111646646

0.105739

0.223932

0.965703

0.083581

0.137841

0.609882

0.1039136

0.941133

0.988921

2

0.111255

0.099493

0.042882

0.021364

0.11023

475

0.68135

0.901828

120.072454

12.649111

1

17.364211

554.250526

0.117259

0.116767

0.007544

55698041

0.102076

0.137973

1.028185

0.089741

0.146535

0.104619

0.102423

0.010151

49693829

0.090354

0.139927

0.942819

0.083581

0.137841

0.303383

0.89021

0.1112491

0.995164

3

0.162897

0.147043

0.059185

0.021364

0.11023

689

0.65019

0.886015

95.133923

16.970562

1

27.370102

158.137881

0.446136

0.410975

0.157079

307387902

0.217582

0.861538

1.550271

0.089741

0.146535

0.109534

0.103888

0.020766

75468901

0.085714

0.186813

0.977749

0.083581

0.137841

-0.458393

0.211798

0.3811788

0.898515

4

0.09874

0.082769

0.05081

0.021364

0.11023

346

0.882699

0.594753

88.259754

16.124516

1

29.026012

961.127168

0.114453

0.10343

0.040386

39600867

0.091331

0.346764

0.997563

0.089741

0.146535

0.104334

0.103736

0.011153

36099676

0.085714

0.144078

1.041053

0.083581

0.137841

0.516491

0.826664

0.1105698

0.956055

5

0.093333

0.095526

0.019767

0.021364

0.11023

953

0.564604

0.924759

86.624441

15.893217

8

31.564533

678.773347

0.130628

0.130013

0.010488

124488860

0.111111

0.154823

1.017776

0.089741

0.146535

0.127394

0.124641

0.015315

121406336

0.104762

0.178755

0.962235

0.083581

0.137841

0.645042

0.975025

0.1017084

0.995832

Cluster data:

  • No labels