Näytteiden digitointi ja biologisen tiedon hallinta

Tämä wiki käsittelee biologisten näytteiden digitointia ja biologisen tiedon hallintaa.

Huomaa että julkaisu ja siihen tehdyt muokkaukset ja kommentit ovat käytettävissä Creative Commons Nimeä-Tarttuva 1.0 Suomi -lisenssillä.

Kokoelmien hallinta

• Kokoelmienhallinta

Kladikirjojen digitointi

1. Mallituetue n4-049a.xml(ensimmäinen versio)

Tutkimusaineistojen ja tiedonhallinnan käsikirja

1. Miksi tiedonhallintaa ja jatkokäyttöä?
2. Tiedonhallinnan suunnittelu
3. Oikeudet aineistoon
4. Aineiston kuvaaminen ja metadata
5. Standardoidut sanastot ja ontologiat
   1. Lajinimet
   2. Paikkatieto
   3. Muuttujat
   4. Henkilöt ja organisaatiot
6. Tiedostomuodot ja aineistojen hallinnan työkalut
7. Kokoelmien hallinta ja digitointi
8. Tutkimusaineistojen hallinta
9. Pitkäaikaissäilytys

Käsikirja FMNH2008-skeman soveltamiseen

FMNH2008 on LTKM:n muunnos TDWG:n standardoimaan, kokoelmatiedon hallintaan ja vaihtamiseen soveltuvaan ABCD (Access to Biological Collections Data)-skemaan. FMNH2008 on muunnettu soveltumaan  näytetietojen lisäksi paremmin myös havaintotiedon tallettamiseen. Muunnos mahdollistaa havainto-olosuhteiden ja paikan kuvaamisen yhdelle datasetille, eli havaintoerälle kerrallaan ja siten myös eri lajien dokumentoidut 0-havainnot. Kokonaisten aineistojen metadata kuvaillaan soveltuvin osin EML:n (Ecological Metadata Language) mukaisesti. Muuttujina käytetään mahdollisuuksien mukaan sandardoituja sanastoja, jollon käsitteiden välsisä suhteistä voidaan myhemmin kuvata ontologiana.

• FMNH2008 käsikirja

Alkuperäiset skemat ja niiden dokumentaatiot löytyvät:

• http://www.fmnh.helsinki.fi/schemas/fmnh2008/
• http://www.fmnh.helsinki.fi/schemas/fmnh2008/documentation.html
• ABCDWiki
• EML

Näytteiden digitointiopas

Wiki perustuu Mikko Heikkisen graduun "Tyyppinäytteiden digitointi", mutta sitä voi laajentaa tai kommentoida kuka tahansa. Oppaaseen pääsee myös osoitteesta http://www.biomi.org/biologia/digit

1. Johdanto
   1. Työn tavoite
   2. Mitä tyyppinäytteet ovat?
2. Aineisto ja menetelmät
   1. Valokuvaaminen
   2. Muut näytetietokannat ja -julkaisut
3. Digitointi ja julkaiseminen
   1. Digitointi
   2. Julkaiseminen
   3. Tutkijoiden ja tutkimuslaitosten tarpeita
   4. Digitoinnin ja julkaisemisen sisältötasot
   5. Mitä tietoja julkaista?
   6. Miten tallentaa tiedot?
   7. Mitä tyyppinäytteitä digitoida?
4. Näytetietojen digitointi käytännössä
   1. Virheet ja tarkistus
   2. Vanhojen versioiden säästäminen
   3. Yleistä tietojen tallentamisesta
5. Digitoitavat näytetiedot
   1. Metatiedot
   2. Tunnisteet
   3. Nimet ja taksonomia
   4. Tyyppinäytteiden erikoistiedot
   5. Taksonomiset tuntomerkit
   6. Näytteiden valokuvaaminen
   7. Paikkatieto
   8. Muita näytetietoja
6. Termejä
7. Kirjallisuus
8. Liitteet
   1. Luettelo näytetiedoista (liite 1)
   2. Digitoitujen tyyppinäytteiden etsiminen Googlen avulla (liite 2)
   3. Luonnos tyyppinäytteiden digitoinnissa kerättäviksi tiedoiksi (liite 3)
   4. Paikkatietoa mannerheimin kokoelman näytteistä (liite 4)
   5. Excel-pohja tallennukseen

Näytteiden digitointiopas: Julkaisutiedot

URN:NBN:fi-fe200802261106 (1. versio)

Pohjatyö: Mikko Heikkinen/biomi.org.

Tämä teos (koko wiki) on käytettävissä Creative Commons Nimeä-Tarttuva 1.0 Suomi -lisenssillä.
Tekijäksi nimeä Luonnontieteellinen keskusmuseo, tietohallintotiimi. (Mikko Heikkinen, Hanna Koivula, Tommi Koskinen, Tapani Lahti ym.)