Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Biostatistics and bioinformatics


Biostatistics and bioinformatics constitute quantitative - predominantly statistical - methodologies for the life sciences. Research focuses on modelling and analysis of biological phenomena and processes, covering a wide spectrum of topics ranging from problems at the molecular level to populations, environments and evolution. Research addresses questions in modelling transcriptional regulation, interface of probabilistic modelling and bio- and environmental sciences, environmental risks, genome-wide association mapping of complex diseases, population genetics, evolution and phylogenetics. Variety of approaches are used, most importantly probabilistic and Bayesian machine learning, as well as computational systems biology. A characteristic feature of the research is a very strong emphasis on collaborative research, carried out jointly with staff members of the sectorial research institutions and other Faculties, especially the Faculty of medicine, the Faculty of biological and environmental sciences, and Aalto University.       

 

People

professor (emeritus) Elja Arjas
professor (part time) Jukka Corander
assistant professor (part time) Antti Honkela
assistant professor (part time) Matti Pirinen
assistant professor Jarno Vanhatalo
university lecturer Sirkka-Liisa Varvio

 

 

Studies and teaching

  Content below has not yet ready (note added 2.11.2016)

 

Master theses

TBA reasearch + thesis collaboration, theses in most cases parts of research projects

 Topic

Faculty / Institute where the thesis has been done and / or research data has been received

(translations missing)

Responsible teacher / instructor in the Department of mathematics and statistics
1.3.2016Ikä-periodi-kohortti-ilmaantuvuusmallin toteutus rinta-ja kivessyövälle upotetulla approksimatiivisella bayesiläisellä menetelmälläSyöpärekisteriCorander Jukka
1.12.2015 Correcting the Effects of Missing Data in Helsinki Psychotherapy Study using Multiple ImputationTerveyden ja hyvinvoinnin laitosVarvio Sirkka-Liisa
1.12.2015U12-type introns and the minor spliceosome in dogEläinlääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
3.11.2015Linear mixed models for estimating heritability and testing genetic association in family dataFIMM, Lääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
13.10.2015Discovering disease trajectories from the Finnish Hospital Discharge Register with the MCL algorithmFIMM, Lääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
2.6.2015Modeling for Mainland-island Metapopulation of Common Shrews (Sore araneus) in Eastern FinlandBiotieteiden laitos, Bio- ja ympäristötieteellinen tdkCorander Jukka
14.4.2015A Comparison Between Some Discriminative And Generative Classifiers-Corander Jukka
20.1.2015A Proteomic Study of Potyviral HC-Pro-interacting Host and Viral ProteinsElintarvike- ja ympäristötieteiden laitos, Maatalous-metsätieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
14.10.2014Comparative Analysis of Cancer Stem Cell Gene Expressions with respect to Intratumor Heterogenity-Varvio Sirkka-Liisa, Corander Jukka
6.5.2014iPRANK: iterative alignment with PRANKBiotekniikan instituuttiVarvio Sirkka-Liisa
28.1.2014Gene Expression Analysis of Monozygotic Twin Pairs Discordant for Body Mass IndexKliininen laitos, Lääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
27.5.2013Analysing exome variant data for identifying causative SNVs of infantile mitochondrial disordersMolekyylineurologian tutkimusohjelma, Lääketieteellinen tdkVarvio, Sirkka-Liisa
7.5.2013A comparison of methods for haplotype inference-Koistinen Petri
5.3.2013Bayesian confimatory factor analysis for detection of differential gene expression Genomibiologian tutkimusohjelma, Lääketieteellinen tdkCorander Jukka, Koistinen Petri
27.11.2012Correlation analysis for evalution of functional annotation methods of proteinsBiotekniikan instituuttiCorander Jukka
6.11.2012Calculating conservation and predicting hENT1 structure using the amino acid sequenceFarmasian tdkVarvio Sirkka-Liisa
9.10.2012Linear models with regularization-Möttönen Jyrki, Sillanpää Mikko
18.9.2012De-novo assembly and finishing of the genome of neuro-toxin (anatoxin-a) producing cyanobacterium, Anabaena sp. strain 37Elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos, Maatalous-metsätieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
14.8.2012Differential Methylation Analysis of Monozygotic Twin Pairs Discordant for Body Mass IndexHjelt-instituutti, Lääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
29.5.2012Proteochemometric Modeling of Kinase - Inhibitor Interactions using Field-based Protein DescriptionsORION / Farmasian tdkCorander Jukka
29.5.2012Genome-based repositioning of commonly used drugs integrating multi-layer informationLääketieteellinen tdkCorander Jukka
15.5.2012Phylogenic Profiling of Streptomyces Species Associated with Potato ScabMaataloustieteiden laitos, Maatalous-metsätieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
29.11.2011Measurements of Relative Hazards Without Active Follow-up of a Cohort - Applications to Vaccine Efficacy-Koistinen Petri, Auranen Kari
29.11.2011Bayesian Clustering of DNA Sequences Using Markov Chains and a Partition Model-Corander Jukka, Koistinen Petri
29.11.2011Spatial Interpolation of Atmospheric Remote Sensing ObservationsIlmatieteen laitosCorander Jukka
11.10.2011Stochastic genotype imputation in Finnish population based cohortsFIMM, Lääketieteellinen tdkCorander Jukka
6.9.2011Apple cultivar identification using automated shape analysisMaataloustieteiden laitos, Maatalous-metsätieteellinen tdkKoistinen Petri
6.9.2011Case-control haplotype inference for HLA-genes in coronar artery diseaseHaartman-instituutti, Lääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
30.5.2011Analysing the Course of the A(H1N1) Influenza Epidemic of 2009 in FinlandTHLVarvio Sirkka-Liisa, Koistinen Petri
30.5.2011Large-scale Genotyping Pipe-line for Non-model organismsBiotieteiden laitos, Bio- ja ympäristötieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
25.5.2011Poisson-malli ilmaantuvuudelle. Altistus Tsernobylin radioaktiivisille päästöille ja kilpirauhassyövän ilmaantuvuus SuomessaSTUKCorander Jukka, Koistinen Petri
5.4.2011Bayesian association analysis using RJMCMC applied to drug responsesORIONCorander Jukka, Varvio Sirkka-Liisa
5.4.2011Computational Methods for Pathway Analysis of Genome-Wide Association Study ResultsFIMM, Lääketieteellinen tdkSillanpää Mikko, Varvio Sirkka-Liisa
1.3.2011Approximating Posterior Distrubutions over Dendrogram Spaces with an Application to Population Genetics-Corander Jukka, Koistinen Petri
1.2.2011Finding Enriched Gene Sets by Confirmatory Factor Analysis-Corander Jukka, Varvio Sirkka-Liisa
7.12.2010Genetic risk prediction of coronary heart disease. Prospective study of Finnish and Swedish cohortsFIMM, Lääketieteellinen tdkVarvio Sirkka-Liisa
8.6.2010Shrinkage variable selection methods for linear regression models with application to QTL mapping-Sillanpää Mikko, Varvio Sirkka-Liisa
4.5.2010Kampylobakteeritartuntojen lähteiden selvittäminen ja mallintaminenEVIRAAuranen Kari, Corander Jukka
    













Biometrian ja bioinformatiikan gradut

 Many theses have been done in collaboration with research groups in Viikki and Meilahti campuses and sectorial research institutions (EVIRA, METLA, THL), as indicated in brackets:

Gradu tehdään usein tutkimusryhmässä Viikin tai Meilahden kampuksella, tai THL:ssä, EVIRA:ssa, METLA:ssa.


  •  Tuontieläinten BSE-riskinarviointiin kehitetty tilastollinen Bayes-malli (2009, EVIRA)
  • Markov Random Fields and Spatial Smoothing in Improving of Forest Inventory Estimates  (2010, METLA)
  •  Luokitusmenetelmien vertailua maastotyypin luokituksessa satelliittikuvaperusteisesti (2008, METLA) 
  •  Lineaarisen rakenteellisen keskiarvo-mallin laajennus useaan käsittelyryhmään ja soveltaminen kliiniseen tutkimusaineistoon  (2008, KTL) 
  •  Ekologisen vasteen mallit (2008, METLA) 
  • Case definition of pneumococcal pneumonia: a latent class analysis approach (2007, KTL) 
  • Tilastollinen analyysi masennuslääkkeiden käytön yleisyydelle ja hoitosuosituksen toteutumiselle (KTL) 
  • Examining equity in access to health care using register data - Pathways to coronary revascularisations in Finland 1995-1998  (2007, KTL) 
  •  Bayesläiset menetelmät diskriminatiivisessa ja generatiivisessa luokittelussa  (2007) 
  • Spatiaaliset pisteprosessit levinneisyysmuutosten tarkastelussa (2005)  
  • Sarjatuhopolttajan asuinpaikan ennustaminen etäisyyskäyttäytymistiedon perusteella (2005) 
  • Verivalmisteiden hepatiitti C-tartuntariski  (2005)

 

 

 

Courses:

 57795 Biometry and bioinformatics I, 2-5 cr
57796 Biometry and bioinformatics II, 5-10 cr
57797 Biometry and bioinformatics III, 5-10 cr
57744 Bayesian theory with applications, 5 cr
57733 Computational statistics, 8 cr
57741 Event-history analysis, 6-8 cr
57748 Genetic analysis and molecular evolution, 4-6 cr
57756 Genome-wide association studies, GWAS-minicourse, 2 cr
57742 Hierarchical models, 6-8 cr
57746 Longitudinal data-analysis, 5-10 cr
57059 Markovian modelling and Bayesian learning, 5 cr
57734 Modelling inheritance in pedigrees and populations, 4-6 cr
57780 Molecular genetics reading group, 2 cr
57740 Nonparametric statistics, 6 cr
57729 Phylogeny inference and data analysis, 4-10 cr
57729 Phylogeny inference, seminar, 3-5 cr

57730 Sequence evolution from molecules to genomes, 4-6 cr
57710 Software tools for statisticians, 5-10 cr
57734 Statistical genetics, 4-10 cr
57755 Statistical methods in gene mapping, 4-6 cr
57739 Statistical methods in medicine and epidemiology, 5-10 cr
57745 WinBUGS/OpenBUGS with applications, 5-10 cr

 

 

 

  • No labels