Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Biometria ja bioinformatiikka


Biometrikko on “elämän mittamies”, bio- ja lääketieteiden kvantitatiivisten analyysien toteuttaja ja menetelmien kehittäjä. Mallituksen kohteina ovat esimerkiksi tautien yleisyys, terveyteen liittyvät altistevaikutukset, tartuntataudit, parasiittien tartuttavuus, geenivirheiden siirtyminen sukupolvesta toiseen, genomin ja eliöpopulaatioiden rakenteet ja evolutiivisia suhteet.

Just as Geometry means "measuring the earth", Biometry means "measuring life". More exactly, it can be said to constitute quantitative - predominantly statistical - methodologies for the life sciences. Biometry research focuses on modelling and analysis of biological phenomena and processes. The research covers a wide spectrum of topics ranging from problems at the molecular level to populations and evolution. In particular, research addresses questions in population genetics, gene mapping and epidemiology of complex diseases, systems and molecular biology, phylogenetics,  and the evaluation of environmental risks. To tackle these problems, variety of approaches are used,  most importantly probabilistic and Bayesian methods. A characteristic feature of the research of the Biometry group is a very strong emphasis on collaborative research, carried out jointly with staff members of the sectorial research institutions (especially THL and EVIRA). Ongoing research topics: see home pages of biometry teachers.

 korjaa tämä


Biometrian ja bioinformatiikan gradut 

Gradu tehdään usein tutkimusryhmässä Viikin tai Meilahden kampuksella, tai THL:ssä, EVIRA:ssa, METLA:ssa.

  • Comparative Analysis of Cancer Stem Cell Gene Expressions with respect to Intratumor Heterogenity (2014)
  • iPRANK: iterative alignment with PRANK  (2014, Viikki)
  • Gene Expression Analysis of Monozygotic Twin Pairs Discordant for Body Mass Index (2014, Meilahti)
  • Analysis of exome variant data for identifying causative SNVs of infantile mitochondrial disorders (2013, Meilahti)
  • Correlation analysis for evaluation of functional annotation methods of proteins (2012, Viikki)
  • Calculating conservation and predicting hENT1 structure using the amino acid sequence (2012, Viikki)
  • De-novo assembly and finishing of the genome of neuro-toxin (anatoxin-a) producing cyanobacterium, Anabaena sp. strain 37 (2012, Viikki)
  • Phylogenetic profiling of Streptomyces species assicuated with potato scrab (2012, Viikki)
  • Differential methylation analysis of monozygotic twin pairs discordant for body mass index (2012, Meilahti)
  • Proteochemometric modeling of kinase - inhibitor interactions using field-based protein descriptions (2012, Viikki) 
  • Genome-based repositioning of commonly used drugs integrating multi-layer information (2012, Meilahti) 
  • Measurement of relative hazards without active follow-up of a cohort - applications to vaccine efficacy (2011, THL) 
  • Analysing the course of the A(H1N1) influenza epidemic of 2009 in Finland (2011, THL) 
  • Poisson-malli ilmaantuvuudelle. Altistus Tšernobylin radioaktiivisille päästöille ja kilpirauhassyövän ilmaantuvuus Suomessa (2011,Stuk)
  • Large-scale genotyping pipe-line for non-model organisms (2011, Viikki) 
  • Sequential predictive classification (2011)
  • Bayesian association analysis using RJMCMC applied to drug responses (2011) 
  • Computational methods for pathway analysis of genome-wide association study results (2011, Meilahti)
  • Case-control haplotype inference for HLA genes in coronary artery disease (2011, Meilahti)
  • Finding enriched gene sets by confirmatory factor analysis (2011) 
  •  Apple cultivar identification using automated shape analysis (2011, Viikki) 
  •  Stochastic genotype imputation in Finnish population based cohorts (2011, Biomedicum
  • Genetic risk prediction of coronary heart disease (2010, Meilahti)
  • Shrinkage variable selection methods for linear regression models with application to QTL mapping (2010) 
  •  Kampylobakteeritartuntojen lähteiden selvittäminen ja mallintaminen. (2010, EVIRA) 
  •  Tuontieläinten BSE-riskinarviointiin kehitetty tilastollinen Bayes-malli (2009, EVIRA)
  • Markov Random Fields and Spatial Smoothing in Improving of Forest Inventory Estimates  (2010, METLA)
  •  Luokitusmenetelmien vertailua maastotyypin luokituksessa satelliittikuvaperusteisesti (2008, METLA) 
  •   Lineaarisen rakenteellisen keskiarvo-mallin laajennus useaan käsittelyryhmään ja soveltaminen kliiniseen tutkimusaineistoon  (2008, KTL) 
  •  Ekologisen vasteen mallit (2008, METLA) 
  • Case definition of pneumococcal pneumonia: a latent class analysis approach (2007, KTL) 
  • Tilastollinen analyysi masennuslääkkeiden käytön yleisyydelle ja hoitosuosituksen toteutumiselle (KTL) 
  • Examining equity in access to health care using register data - Pathways to coronary revascularisations in Finland 1995-1998  (2007, KTL) 
  •  Bayesläiset menetelmät diskriminatiivisessa ja generatiivisessa luokittelussa  (2007) 
  • Spatiaaliset pisteprosessit levinneisyysmuutosten tarkastelussa (2005)  
  •  Sarjatuhopolttajan asuinpaikan ennustaminen etäisyyskäyttäytymistiedon perusteella (2005) 
  • Verivalmisteiden hepatiitti C-tartuntariski  (2005)

             



  • No labels